Mots-Clés
Génétique
Big data
WES
WGS
Neurodevelopment
Data managment
Description
Description du poste
Sous la responsabilité du directeur du Dr S. Jacquemont, le bioinformaticien/data-manager devra identifier, annoter et analyser des variants génétique à partir de données de génotypage et de séquençage (exome et génome complet). Le projet explore l’impact de variants génétiques sur la cognition, le comportement et les traits psychiatriques et neurodéveloppementaux. Il devra également superviser le travail des autres bioinformaticiens du laboratoire et de tous les étudiants qui travaillent sur les données disponibles sur les serveurs. Il sera responsable de l’organisation des données, de l’optimisation des protocoles d’analyse et des pipelines développés au laboratoire en collaboration avec les autres membres de l’équipe.
Des responsabilités supplémentaires consistent en la gestion des actifs informationnels (applications web et serveurs) de l’équipe, la rédaction de documentation, l’assurance-qualité et l’écriture des tests automatisés, et la maintenance du code. Une volonté de travailler en étroite collaboration avec les membres de l’équipe ainsi qu’avec nos collaborateurs est indispensable. Le candidat doit apprendre rapidement et volontairement, avoir un excellent sens de l’organisation, être capable de travailler de manière indépendante et de communiquer de façon efficace oralement et par écrit.
Le candidat sera responsable de
▪ Identification, annotation, analyse de variants génomiques structurels. Les data à analyser comprennent des données de génotypage sur 800000 individus et des données de séquençage (exome et génome complet) sur environ 150 000 individus;
▪ Supervision d’étudiants travaillant sur les données générées (accès, partage et respect des bonnes procédures);
▪ Gestion et coordination du travail en bio-informatique du laboratoire;
▪ Développement et rédaction des procédures de traitement des données dans le laboratoire;
▪ Organisation et hiérarchisation des données sur les serveurs (Compute Canada);
▪ Concevoir, optimiser et automatiser des pipelines d’analyse sur des infrastructures locales et cloud (AWS, Google Cloud);
▪ Documentation et communication sur le processus d’analyse, résultats, outils et techniques utilisés;
▪ Interaction avec les membres du laboratoire afin d’élaborer des stratégies d’analyses.
Exigences et aptitudes
▪ Niveau d’études : PhD en bioinformatique, en génomique ou en informatique avec
▪ Bonne connaissance des langages de programmation suivants : Bash, Python, R, Hail, Spark, etc. ;
▪ Bonne maîtrise des infrastructures cloud (AWS, Google Cloud) ;
▪ Une certaine expérience avec les bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL, ElasticSearch).
▪ Connaissance des méthodes statistiques de base et du langage R;
▪ Excellente maîtrise du français et de l’anglais, à l’oral comme à l’écrit;
▪ Solides connaissances en génétique;
▪ Capacité de travailler en groupe sur plusieurs projets;
▪ Bonne compétence en « Data management »;
▪ Expérience en gestion de projets et de personnel;
▪ Expérience de travail sur les clusters de calculs.
Conditions d’emploi :
Syndicat des employés du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine (SECR)
Échelle salariale: Niveau 4 - entre 32.91 $ et 48.89 $ /heure (selon l’expérience de travail)
Chercheur responsable: Dr Sébastien Jacquemont
Poste : Régulier à temps complet (35 heures par semaine)
Date prévue d’entrée en fonction : Dès que possible
Autre : Le candidat sera également appelé à se déplacer, en fonction des besoins au Centre d’Innovation de GQ/McGill.
Avis important Nous tenons à préciser que les candidats étrangers devront avoir un permis de travail valide pour le CHU Sainte-Justine. Tout permis de travail ayant la condition suivante ne sera pas éligible : « Pas autorisé à exercer un emploi relié aux soins des enfants, à l’enseignement au primaire ou au secondaire, au domaine de la santé ».
Veuillez utiliser notre site de recrutement pour postulez en ligne : http://www.chusj.org/fr/Emplois-benevolat/Emplois-disponibles. Seuls les candidats retenus seront contactés