Mots-Clés
bzde de données, écologie, développement,
CROPTRAITS
F.A.I.R.
Description
Un/une ingénieur informatique - Base de Données et Système
d’information (12 mois)
Projet CROPTRAITS – CEFE, Montpellier
Contexte
Nous recherchons un·e ingénieur·e informatique motivé·e pour rejoindre le projet
CROPTRAITS, dont l’ambition est de développer le premier système d’information mondial,
centralisé et interopérable, dédié aux traits fonctionnels des plantes cultivées. Cette
ressource scientifique inédite rassemblera, harmonisera et diffusera des données provenant
de publications, de bases existantes et de nouvelles collectes. Elle constituera un outil
majeur pour la recherche en agroécologie, biodiversité, adaptation et conservation.
Une première version de la base de données CROPTRAITS - incluant un modèle relationnel
complet sous PostgreSQL - a déjà été conçue et codée.
La personne recrutée aura pour missions principales de (i) finaliser l’infrastructure existante
et en assurer l’optimisation, (ii) développer des outils et interfaces facilitant son utilisation par
la communauté scientifique (API, tableaux de bord, modules de consultation…), et (iii) mettre
en place des solutions garantissant la pérennité, la documentation et l’évolutivité de
CROPTRAITS dans une logique d’ouverture (FAIR) et de long terme.
Le projet est porté par Lucie Mahaut, chercheure au Centre d’Écologie Fonctionnelle et
Évolutive (CEFE – Montpellier), l’un des plus grands laboratoires de recherche en écologie
en France. Vous serez intégré·e à l’équipe ECOPAR (Écologie Comparative), qui développe
une approche interdisciplinaire pour comprendre la diversité fonctionnelle des plantes et la
résilience des agroécosystèmes. L’équipe possède une expertise reconnue dans la
construction, la gestion et l’ouverture de bases de données mondiales sur la biodiversité.
Vous travaillerez en étroite collaboration avec un stagiaire de M2 recruté sur le même projet,
en charge du développement d’un pipeline de text-mining dédié à l’extraction automatisée
des données de traits fonctionnels à partir du web scientifique. Enfin, vous serez pleinement
intégré·e au Pôle Numérique du CEFE, une équipe spécialisée dans le développement
logiciels, la gestion de données et l’administration. Le Pôle Numérique vous accompagnera
pour garantir la mise en place des bonnes pratiques d’ingénierie logicielle, la sécurisation et
l’optimisation de la gestion des données, ainsi que la diffusion ouverte et pérenne des
ressources produites. Cet environnement stimulant vous permettra de contribuer au
développement d’une infrastructure scientifique mondiale, destinée à devenir un outil clé
pour comprendre et valoriser la diversité cultivée dans un contexte de transition
agroécologique.
Missions principales
1) Finalisation et alimentation de CROPTRAITS :
- Vérifier et optimiser la structure de la base relationnelle existante (PostgreS QL).
- Intégrer de nouveaux jeux de données de traits issus de publications et de bases
complémentaires.
- Concevoir, développer et maintenir des fonctionnalités front-end et back-end performantes
et sécurisées.
- Développer et maintenir des API (FastAPI)
2) Développement d’outils de diffusion et de contribution :
- Finaliser le développement de l’interface web de consultation et de téléchargement des
données.
- Mettre en place un outil de data mapping pour faciliter la standardisation de nouvelles
données (formats hétérogènes → standard CROPTRAITS).
- Mettre en place l’interopérabilité avec d’autres bases.
3) Durabilité et évolutivité de CROPTRAITS :
- Proposer et mettre en œuvre de bonnes pratiques de maintenance, sauvegardes et
sécurité des données.
- Rédiger la documentation technique et assurer la reproductibilité.
- Former les chercheurs du consortium aux outils et procédures
-
Profil recherché
Bac+5 en informatique, bio-informatique, data science ou équivalent.
Compétences techniques
o Maitrise de SGBD (Postgresql)
o Maîtrise en programmation et déploiement (python, R, React, bash, FastAPI)
o Versionning : gitlab
o Conteneurisation : Docker
o Des connaissances sur les principes F.A.I.R seraient un plus
o Des connaissances sur les métadonnées, les standards utilisés (EML,Darwin
Core, Dublin Core..), les thésaurus et ontologies seraient un plus.
Compétences transversales
o Rigueur, autonomie, sens de l’organisation
o Capacité à travailler en équipe pluridisciplnaire
o Connaitre les bonnes pratiques en développement (versionning,
documentation, norme de programmation, tests, notion de sécurité)
Conditions de recrutement
• Contrat à durée déterminée (CDD) de 12 mois, potentiellement prolongeable 6 mois.
• Prise de poste souhaitée : 15/04/2026.
• Lieu : UMR CEFE-CNRS Montpellier.
• Rémunération selon expérience et grille (CNRS) en vigueur.
Candidature
Pour candidater, merci d’envoyer CV et lettre de motivation à Christelle Dantec
(christelle.dantec@cefe.cnrs.fr) et Lucie Mahaut (lucie.mahaut@cefe.cnrs.fr).
Date limite de candidature : 15/02/2026