Mots-Clés
Omics
single cell
scRNA-seq
cancer
hématopoïèse
lymphome
RNA-seq
NGS
génomique
transcriptomique
épigénomique
multi-omique
Description
Description de la mission :
L’unité U981 INSERM « Prédicteurs moléculaires & nouvelles cibles en oncologie recherche un.e bioinformaticien.ne spécialisé.e en génomique. L’équipe « Dynamique moléculaire de la transformation hématopoïétique » dirigée par la Dr. Virginie Penard-Lacronique, est localisée à l’Institut Gustave Roussy, un site dynamique hébergeant l’IHU PRISM, un programme de recherche translationnelle intégrative dont l’objectif est de mieux comprendre la biologie du cancer de chaque patient pour en réduire la mortalité, et le Paris Saclay Cancer Cluster (PSCC) qui joue un rôle de catalyseur de l’innovation et de la collaboration dans le domaine de l’oncologie. Gustave Roussy est le 1er centre européen de cancérologie et axe ses travaux de recherche sur la médecine personnalisée et l’immunothérapie.
Malgré les avancées thérapeutiques, une fraction des cancers est difficile à traiter ou rechute. Nous cherchons à mieux caractériser les cellules tumorales par leurs caractéristiques génétiques et épigénétiques et à combiner ces approches avec une modélisation animale pour étudier les hémopathies lymphoïdes B matures. Dans ce poste, vous mettrez en oeuvre des stratégies d’analyse des données issues d’échantillons primaires de patients souffrant de lymphomes diffus à grandes cellules (DLBCL), de maladie de Waldenström, et d’autres hémopathies, ainsi que d’échantillons de modèles animaux ou cellulaires reproduisant ces maladies, en lien avec le département d’Hématologie et le laboratoire de Recherche Translationnelle.
Vous déploierez les programmes d’analyse appropriés et appliquerez des méthodes de pointe aux données de séquençage du génome (WGS et exome), de transcriptomique (RNA-seq), de la chromatine (ATAC-seq, CUT&TAG, Chip-seq), à l’échelle globale ou unicellulaire, afin d’identifier les processus biologiques clés sous-jacents à la variabilité des phénotypes tumoraux (réponse au traitement, progression, survie…).
Compétences essentielles :
🎓 Diplôme : Master ou thèse de science dans un domaine quantitatif/biologique (bio-informatique, statistiques, mathématiques ou sciences biomédicales) avec forte dimension computationnelle
💼 Expérience : Analyse de données issues de technologies de séquençage haut débit (OMICs)
🧠 Expertise : Langages de programmation (Bash, R, Python), outils de containeurisation (Conda, Singularity), cluster de calcul, gestionnaires de workflow (snakemake et/ou nextflow) et biostatistiques appliquées à la génomique, jeux de données complexes et volumineux.
💎 Qualités : autonomie, organisation, rigueur, esprit d’équipe, dynamisme, communication, gestion de projets, mentorat
🎯 Missions :
- Veille scientifique et technologique en bioinformatique
- Intégration de données
- Accompagnement et formation des collègues plus juniors
- Interactions avec les chercheurs biologistes et praticiens hospitaliers, et autres membres de la plateforme de bioinformatique et d’équipes voisines
- Participation aux réunions, séminaires et ateliers de l’unité et institut
- Conception expérimentale et analytique
- Rédaction de projets et de publications scientifiques (présentations orales, articles scientifiques, demandes de financement)
- Respect du secret médical, du cadre légal et déontologique de la recherche translationnelle, ainsi que de la discrétion professionnelle
- Maîtrise de l’anglais (niveau B2 minimum)
Compétences souhaitées :
📚 Connaissances : biologie du cancer, hématologie, big data, recherche collaborative académique
💼 Expérience : technologies single-cell et transcriptomiques spatiales, présentation de résultats d’analyse à des équipes de recherche, rédaction de productions scientifiques (orales, écrites…), développement et déploiement de pipelines.
Cadre :
⏳ Type et durée : CDD - 18 mois
👍 Avantages : restauration collective, prise en charge partielle du transport
🚇 Transports :
- Métro : Ligne 14 arrêt Villejuif – Gustave Roussy / Ligne 7 arrêt Villejuif - Louis Aragon
- RER : Ligne B arrêt Laplace > Bus 380 arrêt Gustave Roussy
- Bus : Ligne 131, 162 et 380
- Parking voiture et vélo
📩 Les candidatures sont à envoyer à hire.u981.hemonc@gmail.com avant le 15 mars 2026 avec un CV, une lettre de motivation incluant les travaux précédents accomplis et 2 contacts de référence.