Mots-Clés
Hôpital
Oncologie
Hématologie
NGS
RNA-seq
Description
Contexte :
L’institut de Biologie en Santé (IBS) du centre hospitalier universitaire d’Angers accueille en un bâtiment unique et récent l’ensemble des laboratoires hospitaliers ainsi que des unités de recherche de l’université d’Angers (INSERM et CNRS).
L’IBS comprend un plateau de biologie et de médecine moléculaire où sont réalisés les examens génétiques des différents laboratoires de l’hôpital (Hématologie, Pathologie, Biochimie, Génétique…) avec une mutualisation des équipements, notamment de séquençage haut-débit avec un séquenceur NextSeq2000, deux séquenceurs NextSeq500/550, un MiSeq, un S5 et un Genexus, avec un projet en cours d’équipement d’une plateforme long-reads. Trois bioinformaticiens sont en poste au sein de l’IBS : deux en charge des analyses de génétique constitutionnelle et un en charge des analyses de génétique somatique.
Nous recherchons un bioinformaticien pour l’activité de génétique somatique des hémopathies et tumeurs solides avec activité partagée entre le laboratoire d’Hématologie et le Département de Pathologie.
Le laboratoire d’Hématologie du CHU d’Angers assure les activités de cytologie, cytométrie en flux, hémostase ainsi que des analyses spécialisées de biologie moléculaire et cytogénétique. Le secteur de biologie moléculaire et cytogénétique comprend 1 PUPH, 3 Praticiens Hospitaliers, 1 AHU, 1 ingénieur et 10 techniciens. L’activité repose principalement sur l’étude au diagnostic et au suivi des néoplasies myéloprolifératives et des leucémies aiguës myéloblastiques. Le laboratoire d’Hématologie est Laboratoire de Biologie Médicale de Référence (LBMR) pour ces pathologies.
Le Département de Pathologie du CHU d’Angers assure le diagnostic de nombreuses pathologies, notamment tumorales. Un nombre croissant d’entre elles nécessite des analyses de biologie moléculaire à visée diagnostique, pronostique et thérapeutique. Les principaux cancers faisant l’objet d’analyses de biologie moléculaire sont les cancers pulmonaires, les cancers d’origine digestive (cancer colo-rectal, cholangiocarcinome)), les tumeurs du système nerveux central et les mélanomes.
Le Département a une activité d’expertise dans le diagnostic anatomopathologique des tumeurs du système nerveux central et des hémopathies malignes (leucémies/lymphomes) (réseaux nationaux INCa Renoclip et Lymphopath, respectivement). Dans ce cadre, des prélèvements extérieurs (principalement du Grand Ouest) sont adressés pour diagnostic anatomopathologique et moléculaire.
L’unité de Pathologie Moléculaire rattachée au département de Pathologie comprend deux PU-PH, un Praticien Hospitalier, trois ingénieurs de biologie moléculaire et cinq techniciens.
Description du poste :
La personne recrutée aura la charge de l’analyse bioinformatique des données de séquençage nouvelle génération (NGS) réalisées en génétique des cancers avec une activité partagée entre le laboratoire d’Hématologie (50%) et le Département de Pathologie (50%).
Cette activité comprendra :
- La maintenance, la mise à jour et le développement des outils bioinformatiques et pipelines d’analyse permettant d’exploiter les données NGS : recherche de mutations somatiques, insertions/délétions, nombre de copies sur panels et exomes, fusions d’ARN (panel ARN et WTS) et méthylation (puces Infinium),
- Accompagner les analyses de routine et leur rendu en interaction avec les ingénieurs et les médecins/biologistes des services,
- Améliorer les performances analytiques et matérielles des outils et pipelines déjà mis en place dans les laboratoires dans le cadre de la démarche qualité (Accréditation ISO15189 en cours)
- Gérer l’infrastructure informatique associée aux séquenceurs NGS et l’archivage des données en relation avec les autres bioinformaticiens du pôle de Biologie et le service informatique du CHU,
La personne recrutée évoluera dans une équipe dynamique et pluridisciplinaire. Elle sera facilement en contact avec les autres ingénieurs bioinformaticiens du site.
Le pôle de Biologie du CHU d’Angers porte un projet fédérateur de Génomique avec, entre autres, comme objectif le recrutement d’un deuxième bioinformaticien temps plein qui sera partagé entre le laboratoire d’Hématologie (50%) et le Département de Pathologie (50%). L’objectif est à long terme la constitution d’une équipe de bio-informaticiens dans les secteurs de génétique somatique et constitutionnelle travaillant en collaboration pour une mutualisation des connaissances et un partage des compétences.
Le laboratoire d’Hématologie et le Département de Pathologie développent des projets de recherche fondamentale et translationnelle au sein de l’unité INSERM CRCI2NA présente dans le bâtiment IBS (https://urlz.fr/hFuY) et le(la) candidat(e) pourra participer aux activités de recherche.
Expériences et compétences souhaitées :
- Connaitre les principales technologies de séquençage haut débit
- Maitriser des concepts et outils bioinformatiques pour le traitement des données NGS (recherche de variants y compris faible variant et UMI, CNV, RNA-fusion…)
- Maitriser les systèmes d’exploitation et les environnements Linux et Windows
- Maitriser les langages de programmation : BASH, Python, Json et R
- Posséder de bonnes pratiques de développement informatique (Git)
- Connaissance en système de gestion de bases de données (SQL)
- Connaissances complémentaires dans l’informatique (réseau, serveur, sécurité…)
- Compétences en anglais scientifique
Qualités requises :
- Intérêt pour la biologie et les sciences médicales
- Capacité à travailler en équipe et à interagir dans un environnement pluridisciplinaire : qualités relationnelles, d’écoute et de communication requises
- Rigueur et adaptabilité
- Dynamisme, autonomie, capacité organisationnelle
Niveau de recrutement :
- Niveau Bac +5
- Formation en bio-informatique
- Une première expérience en analyse de données NGS humain est souhaitable
Contacts pour candidature : Candidatures à adresser par courrier électronique aux Prs Luque Paz et Copin,
damien.luquepaz@chu-angers.fr / mariechristine.copin@chu-angers.fr