Mots-Clés
Bio-informatique
industrialisation
GMP
CSV
NGS
Description
PathoQuest est une société spécialisée de prestation de service (CRO), spin-out de l’Institut Pasteur, qui propose des solutions innovantes pour le Contrôle Qualité des produits pharmaceutiques d’origine biologique. PathoQuest propose aux Biotech innovantes du monde entier un service expert complet de la réception des échantillons à la production des certificats d’analyse. Ses tests utilisent des protocoles propriétaires de traitement des échantillons, une plateforme de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) et des pipelines d’analyses bio-informatiques spécialisés. Actuellement en phase de scale-up, nous comptons une cinquantaine de collaborateurs en France et aux Etats-Unis.
Nous recherchons actuellement dans le cadre d’une création de poste un Ingénieur Bio-informatique Senior en Développement et Validation des Méthodes h/f.
Missions
Sous la responsabilité hiérarchique du Chief Technical Officer (CTO), il/elle a pour rôle de participer aux activités de suivi des activités de développement, à la réalisation de la validation des pipelines et au transfert des méthodes bio-informatique entre le département Tech Ops et le département Operations. Il/elle assure un rôle de support pour l équipe biologie Tech Ops dans le cadre du travail sur l’amélioration des méthodes ou pour le développement et la validation de nouvelles méthodes de NGS. Il/elle s’assure dans ce cadre l’optimisation des données BFX et contribue à l’optimisation des méthodes.
Responsabilités
• Assure le suivi des projets Bio-informatiques pour les projets au stade Tech Ops
• Propose des stratégies de validation métier et CSV et les stratégies de transfert pour les softwares
• Rédige la documentation associée (protocole et rapport) en toute autonomie pour le développement, la validation et le transfert
• Est force de proposition sur les sujets bio-informatiques NGS grâce à son expertise
• Rédige les procédures des nouvelles méthodes bio-informatiques ou modifie les SOP existantes.
• Automatiser et optimiser les flux d’analyse
• Pour les nouvelles méthodes analytiques ou les méthodes optimisées, réalise le training pour habiliter le personnel du département Operations.
• S’assure du life cycle management des méthodes analytiques BFX (identifier les outils ou fonctions additionnelles améliorant les pipelines existants, optimisation des paramètres).
• Revoie les codes pour la validation des méthodes analytiques.
• Gère les premières études clients non régulées pour les nouvelles méthodes analytiques afin de s’assurer de la cohérence de la méthode analytique bio-informatique.
Qualifications et compétences
Qualifications et expérience
• Bac +5 en Bio-informatique minimum
• 5 ans minimum d’expérience sur une fonction similaire en développement et validation en Bio-informatique dans l’industrie pharmaceutique dans un contexte GMP
• Maitrise du CSV et des guidelines GMP (Annexe 11, 21CFR part 11), GAMP5
• Expérience significative en bioinformatique appliqué à des technologies NGS
Competences
• Anglais : B2 minimum
• Gestion de projet : sais gérer des priorités et tenir des délais
• Connaissances des langages de programmation python, shell, html, SQL, R.
• Connaissance de l’environnement GitLab
• Connaissance du gestionnaire de flux d’analyse SnakMake
• Connaissances des bonnes pratiques de codage et des stratégies de test du code
• Expérience d’analyse de données NGS illumina et Nanopore (assemblage, mapping, variant calling, annotation, métagénomique)
• Expérience d’analyse de données génomiques (comparaison de séquences, analyses phylogénétiques)
• Connaissance en génomique microbienne, virale et avec des génomes de mammifères.
• Travailler en transverse et faire du lien entre les différents départements de l’entreprise
• Evaluer la qualité du code informatique pour une utilisation en contexte GMP.
• Savoir anticiper, détecter et interpréter des difficultés techniques
• Evaluer l’efficience des nouveaux pipelines pour une utilisation industrielle.
• Proposer des solutions innovantes et durables pour l’optimisation des flux de travail des nouveaux assays.
Savoir-être
• Force de proposition et de conviction
• Rigueur / organisation
• Adaptabilité, capacité d’adapter son discours selon son interlocuteur
• Capacité d’analyse et de synthèse
• Esprit équipe
• Orientation client (interne et externe)
• Sens du résultat et de la performance
• Créativité
• Esprit orienté solution : Capacité à trouver des solutions simples aux problèmes complexes
Localisation
Ce poste est basé à Paris (13e arrondissement) en France.
Rémunération
· En fonction de l’expérience du candidat
Les avantages du projet
· Environnement en pleine croissance, scale-up dynamique, innovante et ambitieuse
· Une entreprise à la pointe de la génétique, de la bio-informatique et de la biologie moléculaire
· Portefeuille de clients attrayant et d’envergure mondiale
Nous remercions les personnes intéressées par ce poste et qui répondent aux critères ci-dessus de nous faire parvenir leur curriculum vitae à l’adresse careers@pathoquest.com.