Mots-Clés
ngs
GMP
Validation
Description
Stage M1/M2 Bioinformatique - Optimisation et validation de pipelines NGS
Durée : 4 à 6 mois
Niveau : Master 1 ou 2 Bioinformatique
Département : Technical Operations (Tech Ops)
Contexte du stage
PathoQuest est une société spécialisée de prestation de service (CRO), spin-out de l’Institut Pasteur, qui propose des solutions innovantes pour le Contrôle Qualité des produits pharmaceutiques d’origine biologique. PathoQuest propose aux Biotech et à l’industrie pharmaceutique du monde entier un service expert complet de la réception des échantillons à la production des certificats d’analyse. Ses tests utilisent des protocoles propriétaires de traitement des échantillons, une plateforme de séquençage NGS (Next Generation Sequencing) et des pipelines d’analyses bio-informatiques spécialisés. Actuellement en phase de scale-up, nous comptons une cinquantaine de collaborateurs en France et aux Etats-Unis.
Notre entreprise renforce son département Technical Operations (Tech Ops) et propose un stage en bioinformatique appliquée au séquençage haut débit (NGS).
Rôle et activités
Le/la stagiaire interviendra en support des activités bioinformatiques liées aux opérations techniques, avec une forte implication dans l’exécution, l’optimisation et la validation de pipelines d’analyses utilisés en production et en développement, dans un environnement réglementé BPF/GMP.
Missions principales
• Exécuter des pipelines d’analyses bioinformatiques existants sur des données de séquençage produites en interne
• Réaliser des essais bioinformatiques visant à tester, qualifier et valider les pipelines (jeux de données, répétabilité, robustesse)
• Participer à l’optimisation des pipelines (performance, clarté, automatisation)
• Contribuer à la validation des pipelines en environnement GMP/BPF (rédaction de documentation, rapports d’essais, traçabilité)
• Analyser et interpréter les résultats issus des pipelines NGS (contrôle qualité, cohérence biologique)
Profil recherché
Connaissances
• Connaissance de la biologie moléculaire, génomique et principes du séquençage haut débit (NGS)
• Maîtrise pratique des fondamentaux de la bioinformatique appliquée aux données de séquençage (QC, alignement, BLASTN, assemblage, annotation)
• Maitrise des langages de programmation et de scripting : Python, notions de Bash
• Maitrise de l’environnements Linux et calcul sur serveurs (ligne de commande, gestion de fichiers)
• Connaissance de l’architecture et principes des pipelines d’analyses bioinformatiques
• Connaissance des outils de gestion de versions et travail collaboratif (Git)
• Première expérience ou sensibilisation aux environnements réglementés et à la démarche qualité (GMP/BPF)
• Connaissance des notions de base en virologie serait un plus (structure des virus, organisation des génomes viraux)
• Anglais scientifique et technique (niveau B2 minimum)
Savoir-faire
• Exécuter des pipelines d’analyses bioinformatiques NGS existants
• Interpréter les résultats d’analyses avec un raisonnement scientifique rigoureux
• Rédiger une documentation claire et des comptes rendus d’analyses
• Tester, valider et documenter des pipelines d’analyses dans un contexte GMP
• Collaborer avec une équipe pluridisciplinaire (bioinformaticiens, biologistes, qualité)
Savoir-être
• Rigueur, autonomie et esprit d’analyse
• Curiosité scientifique et capacité d’apprentissage
• Goût du travail en équipe et bonne communication
• Sens de l’organisation et respect des procédures qualité
Localisation
• Ce poste est basé à Paris (13e arrondissement) en France.