Mots-Clés

Infections Fongiques Invasives microbiologie genomique Bioanalyses

Description

Offre de Stage Master 2 (5/6 mois)

Contexte du projet

Les infections fongiques invasives constituent aujourd’hui un enjeu majeur de santé publique. Elles touchent en particulier les patients immunodéprimés ou fragiles (VIH, cancers, greffes, maladies chroniques, soins intensifs…) et sont responsables d’une mortalité importante à l’échelle mondiale. Parmi elles, une levure pathogène émergente de la famille des Candida, thermotolérante et fréquemment multirésistante aux antifongiques, est devenue une menace croissante en milieu hospitalier.

Notre laboratoire conjointement avec l’entreprise GENOSCREEN étudie une large collection de souches cliniques de cette levure présentant des profils contrastés de virulence, de résistance et de structure de la paroi. En combinant des approches de génomique et de transcriptomique, nous cherchons à identifier les gènes clés impliqués dans la différence entre les souches. Ces travaux visent à poser les bases du développement d’outils de diagnostic moléculaire haut débit (prédiction rapide de la résistance et du potentiel de virulence) et de nouvelles cibles pour la conception de nouveraux antifongiques efficaces.

Objectif du stage

Participer à la mise en place des bases bioinformatiques du projet :
1) Améliorer les annotations des génomes présents dans les bases de données.
2) Explorer la variabilité génétique afind’analyser la faisabilité d’une approche d’association pangénomique.

Missions proposées

1) Recenser et ré‑annoter les génomes disponibles dans les bases publiques.
2) Évaluer la qualité des annotations existantes.
3) Construire un pipeline d’annotation fonctionnelle (KEGG, GO, CAZy).
4) Mettre en place un pipeline d’assemblage et d’annotation structurale/fonctionnelle.
5) Evaluer la variabilité génétique (SNP, Indel…), en particulier pour les gènes liés à la paroi et à la résistance.
À l’issue du stage, des pipelines opérationnels, une base interne de génomes et les annotations associée ainsi qu’une première évaluation de la faisabilité d’analyses de génomique d’association seront disponibles,
Ces données pourront servir de base à un future projet de thèse.

Profil recherché

M2 en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle (ou équivalent).
Maîtrise de Linux et d’au moins un langage de programmation (Python, Bash…).
Intérêt pour la microbiologie dans le contexte des maladies infectieuses, ainsi que pour la génomique.
Autonomie, curiosité, goût pour le travail à l’interface entre la biologie et l’informatique.

Encadrement & conditions

Vous serez encadré(e) par une équipe de bioinformaticiens de l’entreprise GENOSCREEN et biologistes de l’UGSF.
Financement : PUI (Pôle universitaire d’Innovation de Lille)
Durée : 5/6 mois