Mots-Clés

Bio-informatique génétique des populations écologie marine

Description

Analyse de la structure génétique et de la connectivité des populations de poissons récifaux en Polynésie française

Durée : 2 mois maximum
Date de début du stage : entre début mai et fin juillet (modulable)
Niveau : Licence 3 ou Master 1
Domaine de recherche : Bio-informatique, génétique des populations, écologie marine
Lieu : Laboratoire d’Océanographie de Villefranche-sur-Mer (LOV), 181 chemin du Lazaret, 06230 Villefranche-sur-Mer
Gratification : stage non rémunéré

Contexte scientifique

La Polynésie Française (PF) s’étend sur une vaste zone maritime tropicale comprenant 5 archipels et 118 îles et atolls, dispersés sur environ 5 millions de km². Véritable « continent aquatique », la PF abrite des récifs coralliens autour de la majorité de ses îles.

La quasi-totalité des poissons récifaux présentent un cycle de vie bipartite comprenant (i) une phase pélagique permettant la dispersion des larves à grande échelle et (ii) une phase benthique (juvénile et adulte) associée aux récifs. Ces échanges larvaires entre récifs sont cruciaux car ils ont des conséquences majeures sur la structure génétique des populations (flux de gènes, connectivité génétique, différentiation), la dynamique des populations (taux de renouvellement, colonisation de nouveaux habitats), la distribution biogéographique des espèces et la composition des peuplements, et la résilience des communautés coralliennes face aux perturbations.

Malgré un nombre d’études scientifiques croissant, les estimations de la connectivité des populations marines demeurent encore fragmentaires et le plus souvent monospécifiques, alors même que ce concept est central pour la conception de réseaux d’aires marines protégées et pour la gestion durable des pêches récifales en PF.

Les approches de génomique des populations basées sur des marqueurs SNP obtenus par ddRADseq permettent aujourd’hui de caractériser finement la structure génétique des populations et d’inférer les flux de gènes entre sites. À partir de données génomiques issues d’un échantillonnage de plusieurs espèces de poissons récifaux, ce projet vise à explorer les patrons de connectivité et leur variabilité temporelle. Ces résultats fourniront des éléments clés pour orienter les stratégies de gestion et de conservation des populations de poissons récifaux.

Objectifs du stage

Ce stage s’inscrit dans le cadre de la thèse de Jessica Dos Santos qui porte sur les variations temporelles de la connectivité des populations de huit espèces de poissons récifaux en PF. Les échantillons (plusieurs espèces, plusieurs îles) ont déjà été collectés, et les données de séquençage ddRADseq sont disponibles. L’objectif principal du stage est de conduire des analyses de génomique des populations pour une ou plusieurs espèces de poissons récifaux (selon la durée du stage), afin de caractériser la structure génétique des populations et les niveaux de connectivité et de flux de gènes entre sites d’échantillonnage.

Missions

Sous la supervision conjointe d’une doctorante et d’une post-doctorante de l’équipe COMPLEx, le ou la stagiaire participera aux activités suivantes :

• Prise en main d’un environnement de calcul (serveur du laboratoire) et gestion de jeux de données de grande dimension ;
• Traitement bio-informatique de données de séquençage ddRADseq à l’aide de pipelines existants ;
• Réalisation d’analyses de génétique des populations (PCA, PCoA, F ST , méthodes de clustering, etc.) ;
• Analyses de connectivité (détection de migrants, estimation des flux de gènes) ;
• Interprétation des résultats biologiques en lien avec l’écologie des espèces étudiées et leur biogéographie.

Profil recherché

Étudiant·e en L3 ou M1 :

• Spécialité : bio-informatique, écologie, génétique ou disciplines connexes
• Compétences solides en R ou Python pour l’analyse de données
• Bases en environnement Linux/Bash
• Intérêt pour la génétique/génomique des populations et l’écologie marine
• Motivation, rigueur, curiosité scientifique et capacité à travailler en équipe.

Encadrement

Le ou la stagiaire sera encadré·e par :

• Cécile Fauvelot – Directrice de Recherche – Institut de Recherche pour le Développement
• Jessica Dos Santos – Doctorante en écologie marine – LOV-UniCA
• Camille Sant – Post-doctorante en bio-informatique – LOV