Mots-Clés
scRNA-Seq
immunologie
transcriptomique
Description
Le mélanome cutané est un cancer particulièrement agressif en raison de son fort potentiel métastatique et de sa capacité à échapper à la surveillance immunitaire. Les immunothérapies ciblant les points de contrôle immunitaire ont permis d’améliorer significativement le pronostic des patients mais une proportion importante d’entre eux développe des résistances limitant l’efficacité durable de ces traitements.Parmi les mécanismes impliqués le microenvironnement tumoral impose aux lymphocytes T des contraintes immunitaires et métaboliques. Le métabolisme du fer apparaît comme un régulateur clé de leur activation de leur expansion et de leur fonction cytotoxique. Une compétition pour le fer entre cellules tumorales et cellules immunitaires pourrait ainsi contribuer à l’échec thérapeutique.
Deux études récentes l’une portant sur des tumeurs naïves de traitement (Luo et al.) et l’autre sur des patients traités par immunothérapie (Lim et al.) suggèrent que le contexte thérapeutique pourrait influencer le métabolisme du fer des lymphocytes T. Ce projet de stage vise à analyser l’impact de l’immunothérapie sur le métabolisme du fer des lymphocytes T en comparant tumeurs naïves et traitées et à déterminer si une signature liée à un métabolisme du fer élevé est associée à une meilleure réponse au traitement.
Ce travail contribuera à mieux comprendre les mécanismes de réponse et de résistance à l’immunothérapie.
Ce stage de M1 a pour objectif principal d’explorer, à partir de données single-cell RNA-seq publiques, le lien entre métabolisme du fer des lymphocytes T et réponse à l’immunothérapie dans le mélanome. Il s’articule autour de deux axes scientifiques : comparer les profils transcriptomiques des lymphocytes T entre tumeurs naïves et traitées par immunothérapie, et tester si une signature “fer élevé” est associée à une meilleure réponse clinique.
Missions et progression pédagogique
Le stage est structuré en trois phases progressives, co-encadrées par un bioinformaticien et une doctorante référente avec des points hebdomadaires en équipe.
Dans un premier temps, le stagiaire montera en compétence sur les outils d’analyse de données single-cell, principalement sous R (Seurat), à travers des tutoriels guidés et l’analyse d’un jeu de données de prise en main. Dans un second temps, il procédera à la réanalyse des deux jeux de données publiques (Luo et al. et Lim et al.) : contrôle qualité, normalisation, réduction dimensionnelle, clustering et annotation des populations lymphocytaires. Dans un troisième temps, il réalisera l’intégration des deux jeux de données et explorera les signatures transcriptomiques liées au métabolisme du fer, en lien direct avec les questions biologiques de l’équipe.