Mots-Clés

NGS algorithmes pipelines Statistiques diagnostic innovation

Description

Ingénieur(e) Bioinformaticien CDD (1 an avec possibilité d’extension à 18 mois + CDI potentiel) en Bioinformatique Clinique à l’institut Curie

L’Institut Curie, premier centre français de recherche et de lutte contre le cancer, associe un centre de recherche de renommée internationale et un ensemble hospitalier de pointe qui prend en charge tous les cancers y compris les plus rares. Fondé en 1909 par Marie Curie, l’Institut Curie rassemble sur 3 sites (Paris, Saint-Cloud et Orsay) 3 900 chercheurs, médecins et soignants autour de ses 3 missions : soins, recherche et enseignement.

Mission :

Dans le cadre d’un surcroît d’activité, un CDD de 12 mois (avec possibilité d’extension à 18 mois + CDI potentiel) est disponible dès que possible (entretiens à prévoir à partir de Mars) au sein de l’unité de Bioinformatique Clinique (BIC), incluse dans le Pôle de Médecine Diagnostique et Théranostique, de l’Institut Curie. La personne retenue travaillera à 50% sur des thématiques liées à la BIC (pipelines, algorithmes en lien avec le service de génétique, la pathologie numérique, la pharmacologie, etc.) de l’Institut Curie. La personne travaillera également à 50% sur les thématiques en lien avec l’Immunologie Clinique (IC), notamment le développement d’outils d’analyse de données de cytométrie en flux.

Principales activités :

• Réécriture / optimisation de pipelines d’analyses avec mise en place de conteneurs et de tests unitaires, jeux de validation

• Développement d’outils spécifiques au diagnostic clinique avec recherche bibliographique, évaluation d’outils publiés, mise en place d’approches originales

• Participation à l’analyse de projets de recherche associés à des essais cliniques

• Présentation régulière des avancées aux différents collaborateurs notamment l’IC

• Contribution à différentes publications associées aux données analysées / aux nouvelles approches mises en place

Compétences requises :

• Maîtriser l’environnement linux

• Maîtriser au moins l’un des langages de programmation suivants (idéalement avoir de l’expérience sur plusieurs d’entre eux) : python, java ou autre langage orienté objet

• Maîtriser le langage de programmation R

• Bonnes connaissances des outils standards de bioinformatique pour l’analyse et l’interprétation des données de séquençage haut-débit (DNA, RNA, méthylation)

• Bonne connaissance des méthodes statistiques (machine learning / deep learning, outils supervisés et non supervisés)

• Avoir un attrait pour les interactions avec les biologistes

• Rigueur, dynamisme, capacité à travailler en autonomie

• Excellent esprit d’équipe

Compétences souhaitées :

• Bonnes connaissances en algorithmique

• Versionnage du code avec GIT

• Maîtrise de l’anglais technique et scientifique à l’oral et à l’écrit

• Des compétences dans l’un ou plusieurs domaines suivants seraient un gros plus : utilisation de cluster de calcul (SGE / SLURM / LSF / MOAB, etc.), expérience en calcul distribué, utilisation de GPU, expérience en machine learning / deep learning, utilisation de gestionnaire de workflow type Nextflow / snakemake, classification supervisée et non supervisée, réduction de dimensions, conteneurisation (singularity / docker)

• Des connaissances en oncologie sont un plus

Diplômes / qualifications requis(es) :

• Etre titulaire d’un Doctorat ou d’un Diplôme d’Ingénieur en Bioinformatique

• Une première expérience en analyses de données NGS est souhaitée

Pour candidater, 2 possibilités :

• envoyer un CV + lettre de motivation à bioinfo-clinique.recrut [AT]curie.fr

• Uploader une candidature vidéo (maximum 10 min) via https://xfer.curie.fr/anon/list?lang=fr et envoyer le lien de la vidéo à bioinfo-clinique.recrut [AT]curie.fr