Mots-Clés
Image analysis
Deep learning
Data sciences
Description
Projet
- Le projet consiste en l’étude par microscopie epifluorescente de la dynamique moléculaire du processus d’autophagie lors du développement de C. elegans.
Mission
- Le poste consistera au developpement d’outils analytiques permettant la segmentation, le tracking et l’analyse automatisée en 5D (X,Y,C,Z,T) de la dynamique des autophagosomes au sein d’acquisitions micrographiques.
Contexte du travail:
CDD de 9 mois avec possibilité de renouvellement. Poste à pourvoir à partir de : 1er Avril 2026.
Cette étude s’effectuera au centre de recherche des Cordeliers au sein de l’équipe « Métabolisme, Cancer et Immunité » dirigée par le Pr. Guido Kroemer, sous la direction du Dr. Mojgan Djavaheri-Mergny et de M. Sauvat Allan.
http://www.crc.jussieu.fr/; https://www.gustaveroussy.fr;
Profil recherché et compétences requises
- Diplome d’ingenieur/Master en bioinformatique. Connaissance des langages R & Python requise. Une expérience préalable en image processing est indispensable.
Activités essentielles:
• Developpement d’algorithmes en R/Python pour le traitement, la segmentation & l’analyse de micrographies.
• Creation d’interfaces (Packages, modules, GUI, etc.) avec les outils developpés pour leur utilisation par une communauté scientifique plus large.
• Gestion des flux de données (Acquisition, sécurisation, traitement, partage, archivage)
Activités associées :
• Exploitation et communication de ses résultats au sein du laboratoire.
• Participation au bon fonctionnement du laboratoire (suivi de l’entretien d’équipements, aide informatique)
Savoir-faire:
• Expérience solide en image processing et data analytics: Morphologie mathématique, analyse numérique, Deep Learning (Segmentation semantique), methodes de classification (non-)supervisées (xgboost, randomForest).
• Utilisation des modules opencv, scikit, tensorflow (Python) et packages EBImage, reticulate, tidyverse, caret (R)
• Maîtrise d’au moins un des logiciels ImageJ, Icy, QuPath, CellProfiler.
• Connaissances de base en microscopie optique, biologie cellulaire et de l’organisme.
• Maîtrise de l’anglais scientifique, à l’écrit et à l’oral.
Aptitudes:
• Autonomie, sens de l’organisation, rigueur et méthode.
• Capacité de travail en équipe sur un projet collaboratif.
• Esprit d’initiative, et curiosité scientifique.
• Motivation.