Mots-Clés
biomarqueur
immunologie
cancérologie
modélisation
Machine learning
Description
La structure translationnelle d’immunomonitoring des cancers située sein de l’Hôpital Européen Georges-Pompidou (HEGP), Paris, dirigée par le Pr F. Pagès (PU-PH, MD-PhD) est spécialisée dans l’analyse du microenvironnement tumoral. Elle est rattachée à l’équipe INSERM « Immunologie Intégrative du Cancer » du Centre de Recherche des Cordeliers (UMRS1138).
L’équipe de recherche associée à cette structure réalise une activité de recherche translationnelle en Immuno-Cancérologie dont l’objectif est d’identifier des biomarqueurs pronostiques et prédictifs de réponse au traitements (en particulier immunothérapiques) dans les tumeurs solides.
Elle a permis le développement de plusieurs tests cliniques tels que l’Immunoscore (IS), IS-biopsie et IS-Immune checkpoint (IS-IC). Cette structure a servi de centre de référence pour une large étude internationale de validation (13 pays, 22 centres, plus de 3 500 patients) du test IS (Pagès F et al, Lancet 2018) dans les cancers du côlon. Elle est actuellement impliquée dans une étude clinique de phase III (ATEZOTribe 2) où le résultat du test IS-IC, constitue le critère d’inclusion des patients présentant un cancer colorectal métastatique traité par immunothérapie. Ces travaux ont conduit au dépôt de 12 brevets détenus par nos institutions académiques.
Les recherches s’appuient sur des données cliniques initiales et de suivi, associées à des résultats issus d’explorations en pathologie digitale, transcriptomiques et génomiques. Elles reposent sur une collaboration étroite avec les services cliniques (anatomie pathologique, chirurgie digestive, bioinformatique,..) et notre groupe de recherche au sein du Centre de recherche des Cordeliers.
Description du poste :
La personne recrutée participera à l’analyse biostatistique et bio-informatique des données cliniques et biologiques générées au sein de la structure en coordination avec les membres de l’équipe. Il sera encadré par un bio-informaticien senior.
Vos missions principales :
1. Gestion, analyse et modélisation de données
· Produire des statistiques descriptives et restituer des résultats sous formes tabulaire et graphique.
· Développer des modèles statistiques prédictifs (Analyse de survie, régressions, random forest, XGBoost,…).
· Assurer la reproductibilité, la documentation et la traçabilité des analyses.
· Structurer, documenter et contrôler la qualité des jeux de données.
2. Activités transversales
· Assurer une veille scientifique afin de proposer des méthodes d’analyses de données.
· Participer à l’élaboration des protocoles d’études et aux choix méthodologiques (design, objectifs, critère de jugement, population d’étude, plan d’analyse statistique…).
· Participer aux rapports scientifiques et à la valorisation des résultats.
3. Activités en bio-informatique (en support de l’équipe)
· Pathologie Digitale / analyses spatiales.
· Analyses transcriptomiques.
· Exploitation de base de données publiques.
Profil recherché
Diplôme : Master ou PhD en science des données ou biostatistiques
Niveau d’étude : Bac+5
Niveau d’expérience : 1 à 2 ans d’expérience souhaitée (non indispensable)
Compétences professionnelles
• Maîtrise en méthodes statistiques appliquées aux sciences de la vie (descriptives, univariées, multivariées, régressions linéaire et logistique, modèles de survie, gestion des données manquantes etc.)
• Solide expérience en méthodes d’apprentissage automatique (random forest, XGBoost…)
• Maîtrise des outils d’analyse de données (R ou Python)
Qualités personnelles
- Bon relationnel et sens du travail en équipe
- Disponibilité et réactivité
- Organisation, ponctualité et rigueur
- Curiosité scientifique et esprit critique
- Autonomie