Mots-Clés
annotation fonctionnelle
réseaux métaboliques
levures
prédiction de fonctions métaboliques
Description
Le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui combine des approches numériques et expérimentales pour exploiter la diversité des levures et valoriser des co-produits agroalimentaires par fermentation.
La personne sera en charge du développement d’un pipeline d’annotation automatique des fonctions enzymatiques de génomes de levures. Ce pipeline s’appuiera sur des pipelines développés par des partenaires de l’IRISA, qu’il faudra adapter au cadre des levures. Le pipeline devra ensuite être enrichi par des méthodes originales de prédiction de fonctions enzymatiques présélectionnées par l’équipe de recherche, dont il faudra s’assurer du passage à l’échelle.
Enfin, la personne devra développer une méthode pour interpréter les annotations enzymatiques en voies métaboliques d’intérêt pour le projet scientifique. Le pipeline sera appliqué à une sélection de plusieurs centaines de souches de levures sélectionnées par le consortium du projet.
Les activités consisteront à
- Développer un pipeline d’annotation des fonctions enzymatiques de génomes de levures et de leur interprétation en voies métaboliques ciblées.
- Réaliser l’annotation structurelle de souches de levure clés pour le projet scientifiques.
- Implémenter des algorithmes de prédictions de fonctions enzymatiques issus de l’état de l’art.
- Développer un algorithme d’interprétation d’annotations enzymatiques en voies métaboliques.
- Annoter fonctionnellement des génomes de levures (plusieurs centaines).
Du point de vue contexte, le poste s’inscrit dans le projet SuPRTryP, soutenu par le PEPR BBEST, qui vise à développer des alternatives biotechnologiques durables à la synthèse chimique pétro-sourcée pour produire des métabolites à haute valeur ajoutée comme la mélatonine ou la sérotonine. Le projet repose sur l’analyse de génomes de levures, le développement de procédés de fermentation à partir de biomasses résiduelles, et un cas d’usage axé sur la valorisation des co-produits de la vigne et du vin. L’ambition est de créer une chaîne complète, de la biodiversité microbienne à la transformation de déchets en produits à valeur ajoutée, avec des méthodes transférables à d’autres filières. La personne recrutée devra s’intégrer dans le projet en collaborant avec les ingénieurs et doctorants bioinformaticiens du projet (laboratoire IRISA, équipe Biographs/Dyliss), les membres de la plateforme bioinformatique GenOuest pour les calculs, et les partenaires biologistes et chimistes du consortium. La personne devra aussi participer aux événements annuels du PEPR BBEST pour partager ses réalisations avec l’ensemble des projets du PEPR.