Mots-Clés

fourche de réplication SCAR-seq OK-seq méthylation de l'ADN élément transposable

Description

Développement d’une interface R Shiny pour l’analyse des éléments transposables impliqués dans la réplication de l’ADN

Description
La réplication de l’ADN est un mécanisme indispensable pour le processus de division cellulaire qui fait intervenir plusieurs processus épigénétiques comme la méthylation de l’ADN. Lors de la réplication, la méthylation de l’ADN permet de conserver l’intégrité du génome et de « silencer » les éléments transposables. L’étude de la réplication a pu être facilitée notamment via l’utilisation de nouvelles méthodes de séquençage qui ont permis d’identifier et d’isoler les brins nouvellement répliqués (OK-seq et SCAR-seq) mais l’ensemble des processus intervenant et maintenant la méthylation de l’ADN reste encore peu décrit.
Les travaux de notre équipe ont permis de mettre en évidence la localisation des facteurs de méthylation d’ADN lors de la réplication dans une condition mais également de supposer le mécanisme de  « silencing » des éléments transposables lors de ce processus. Nous cherchons donc à poursuivre en nos recherches en nous intéressant à l’impact de la délétion sur la méthylation de l’ADN et sur le profil des éléments transposables impactés.

Objectif
L’objectif du stage est de développer et d’implémenter une interface R en utilisant Shiny afin de faciliter et d’automatiser l’analyse des éléments transposables provenant de données de SCAR-seq et d’OK-seq. Le.la stagiaire sera amené.e à développer l’interface Shiny en se basant sur les résultats déjà obtenus sur la condition contrôle. Cette interface sera ensuite appliquée à des données provenant des lignées cellulaire mutantes afin d’analyser les résultats et de pouvoir les comparer à ceux de la condition contrôle.

Profil recherché
Étudiant(e) en Master 1 de bioinformatique
Connaissances en programmation (notamment R)
Intérêt pour la génomique et l’épigénétique
Capacité à travailler en équipe interdisciplinaire

Equipe et encadrement
Le laboratoire fait partie de l’unité Genome Integrity and Cancers Unit (UMR9019) à Gustave Roussy, le premier centre européen de lutte contre le cancer.
Le.la candidat.e rejoindra l’équipe “(Epi)genome replication” dirigée par Nataliya Petryk et sera sous la supervision d’une bioinformaticienne, en collaboration étroite avec l’équipe expérimentale.

Période de stage : stage de 2 mois (8 semaines) à partir d’avril