Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

microbiology pangenomic functional annotation metagenomic multi-omic

Description

Aviwell est une startup deeptech dont la mission est de nourrir le monde de manière plus efficace et durable tout en respectant les ressources naturelles. Aviwell opère à la convergence des sciences du numérique et des sciences du vivant. Notre siège est situé à Toulouse et notre bureau de direction et de développement commercial se trouve à Boston, aux États-Unis. Nous développons des procédés permettant d’identifier et de produire des communautés bactériennes naturelles afin d’améliorer la croissance des animaux d’élevage et de réduire leur consommation d’aliments et leurs déchets. Aviwell a pour objectif de commercialiser ces produits uniques sur un marché mondial.

Afin de renforcer son département de recherche et d’innovation in silico, Aviwell recrute un.e bioinformaticien.ne disposant d’une solide expertise dans les données génomiques microbiennes. La personne retenue pilotera le développement d’approches bioinformatiques visant à mieux caractériser la diversité des souches microbiennes et à explorer la matière fonctionnelle encore inconnue associée.

Parallèlement, le/la candidat(e) contribuera à l’analyse des données de séquençage générées par l’entreprise et participera à l’amélioration continue des pipelines de bioinformatique d’Aviwell. Les données analysées incluent des jeux de données de génomique, métagénomique, transcriptomique et autres types de données issues du séquençage.

La personne recrutée travaillera en étroite collaboration avec les membres de la Discovery Platform d’Aviwell, qui regroupe bioinformaticiens, biostatisticiens et microbiologistes. Le poste implique également des interactions avec les chercheurs afin de définir les besoins en séquençage et de discuter des stratégies d’analyse et des résultats.

Responsabilités principales

• Développer des méthodes bioinformatiques pour l’analyse de pangénomes microbiens et la caractérisation fonctionnelle des gènes microbiens
• Contribuer au développement et à l’amélioration des pipelines bioinformatiques d’Aviwell
• Analyser et interpréter des jeux de données de séquençage multi-omiques (génomique, métagénomique, transcriptomique, etc.)
• Collaborer étroitement avec des équipes transverses, en particulier les membres de la Discovery Platform d’Aviwell
• Participer aux échanges avec les chercheurs afin de définir les stratégies de séquençage et interpréter les résultats

Qualifications et expérience

Formation

Doctorat (PhD) en bioinformatique, biologie computationnelle ou science des données. Un parcours initial en biologie peut également être considéré

Exigences minimales

• Expérience professionnelle démontrée dans le domaine
• Connaissances et compétences en programmation dans une combinaison des technologies suivantes :
  environnement Unix (Linux) ; Bash ; Python ; R ; Perl ; C++ ; langages de pipelines (Snakemake, Nextflow) ; HPC (calcul haute performance) ; Cloud computing
• Maîtrise du français ou de l’anglais. Un niveau minimum A2 (élémentaire) dans la seconde langue est souhaité.

Idéalement

• Expertise en microbiologie et/ou métagénomique
• Expérience en assurance qualité appliquée aux données numériques

Compétences

• Capacité à adapter ses connaissances à des besoins variés
• Travail autonome, organisé et de haute qualité, respectant les délais
• Capacité à gérer plusieurs tâches et responsabilités simultanément
• Aptitude à travailler efficacement dans des équipes internationales et multidisciplinaires
• Force de proposition et capacité à suggérer des optimisations
• Capacité à s’adapter et à développer ses compétences dans un domaine en constante évolution
• Bonnes compétences en communication, esprit d’équipe et forte motivation

Informations pratiques

Localisation : Toulouse, France
Prise de poste : dès que possible
Type de contrat : CDD jusqu’à 18 mois avec forte possibilité d’évolution vers un CDI

Candidature

Les candidats doivent envoyer :

1. leur CV,
2. une lettre de motivation décrivant leurs qualifications et leurs centres d’intérêt,
3. les coordonnées d’au moins deux références professionnelles pouvant attester de leurs compétences.

Les documents doivent être envoyés en pièces jointes avec un nom de fichier au format NOM_PRENOM-DOCUMENT :

par email à a.difranco@aviwell.fr
Objet de l’email : “Aviwell Pangenomic position”