Mots-Clés
transcriptomique
clustering
performance
Description
Contexte
L’Institut Cochin est un centre de recherche biomédicale multithématique, réunissant 42 équipes de recherche et 10 plateformes technologiques. L’équipe « From Gametes To Birth » de l’Institut Cochin s’intéresse à la biologie de la reproduction, couvrant la production et la fusion des gamètes, les interactions entre le fœtus et la mère et les conséquences à long terme d’une grossesse.
Les technologies de transcriptomique permettent d’obtenir l’expression de gènes à l’échelle du génome dans divers contextes biologiques. En fonction des caractéristiques de ces dernières, les transcrits peuvent être quantifiés à l’échelle de la cellule unique (single-cell RNA-seq) ou localisés sur une coupe de tissu (transcriptomique spatiale). Pour ces différentes technologies, le clustering, qui consiste à rassembler des éléments du jeu de données ayant des profils transcriptomiques similaires, est l’une des analyses couramment réalisées.
Mission
Au sein de l’équipe « From Gametes To Birth », l’étudiant(e) prendra part à l’évaluation des performances d’une méthode visant à atteindre une reproductibilité non arbitraire du clustering de données de transcriptomique. Cette évaluation consistera en la confrontation de cette nouvelle méthode avec celles couramment utilisées dans le domaine en utilisant des jeux de données réels issus de différentes technologies et de différents contextes biologiques, ainsi que des jeux de données simulés. L’étudiant(e) pourra également prendre part aux améliorations ou correctifs de la méthode issus des résultats de l’évaluation.
Profil
Etudiant(e) en Master 1 de bioinformatique, biostatistiques ou école d’ingénieur
Compétences
- Maîtrise du langage de programmation R et autonomie dans l’environnement Unix
- Notions en clustering non supervisé seraient un plus
- Connaissance du système de contrôle de versions git serait un plus
Le stage de 8 semaines aura lieu durant les mois de juillet et août 2026.
Pour candidater, merci d’envoyer à christophe.le-priol@inserm.fr
- Un CV (1 page)
- Une lettre de motivation détaillant les intérêts pour ce stage (1 page)