Mots-Clés
Transcriptomique
Épigénomique
Protéomique
RNA‑seq
Splicing alternatif
Expression génique
Analyse omique intégrative
Description
Environnement de travail
Le laboratoire de Physiologie et médecine expérimentale du cœur et des muscles - PhyMedExp -, est une unité mixte de recherche (INSERM, CNRS, Université de Montpellier) créée le 1 janvier 2011. C’est une unité pluridisciplinaire fédéré autour de la physiologie et physiopathologie des tissus contractiles (muscles cardiaques, lisses et striés), et de leurs interactions avec leur environnement. Il rassemble plus de 150 personnes sur 6 équipes et développe une stratégie de recherche allant des structures élémentaires (gènes et molécules), à l’organisme entier, en passant par les cellules et les tissus.
Les principaux objectifs de l’unité sont d’identifier par une approche intégrative, les mécanismes moléculaires associés à la fonction musculaire en condition normale ou pathologique (cardiovasculaire, héréditaire, maladies musculaires acquises et iatrogènes, respiratoires, digestives).
Description du projet
PhyMedExp a été labellisée « Pôle Stratégique » par l’AFM-Téléthon pour une durée de 5 ans. Dans ce contexte, MYOccitanie un programme de recherche structurant englobant la totalité des thématiques de recherche du laboratoire est mis en place.
MYOccitanie a comme objectif d’accélérer la compréhension des maladies neuromusculaires, cardiaques, respiratoires, digestives, en s’appuyant sur la collaboration étroite entre recherche fondamentale et recherche clinique et au bénéfice des patients. MYOccitanie s’articule autour de 3 axes dont les objectifs sont de :
• Comprendre les mécanismes physiopathologiques à l’origine des atteintes musculaires, cardiaques, respiratoires et digestives.
• Établir des corrélations génotype‑phénotype sur des cohortes de patients.
• Développer des modèles expérimentaux humains innovants
• Identifier des biomarqueurs diagnostiques et pronostiques
• Tester des approches thérapeutiques innovantes
Mission principale
Le candidat jouera un rôle clé dans l’analyse de divers transcriptomes, incluant le RNA seq, le single cell / single nucleus RNA seq (scRNA seq), ainsi que des données épigénomiques, dans le cadre du projet MYOccitanie. Ce poste offre une opportunité stimulante de contribuer à des recherches de pointe visant à comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans les myopathies et maladies rares.
Définitions des tâches à accomplir
• Analyser les données RNA seq et scRNA seq pour identifier les gènes différentiellement exprimés, les événements de splicing alternatif et les profils d’expression spécifiques à certains types cellulaires.
• Réaliser des analyses intégratives de différents types de données afin d’élucider les réseaux régulateurs et les modifications épigénétiques associées aux myopathies :
• Transcriptomique (RNA seq, small RNA seq, single cell RNA seq),
• Architecture chromatinienne et épigénomique (ChIP seq, single cell ATAC seq),
• Protéomique,
• Être capable d’intégrer les données dans des atlas établis, tels que le Human Cell Atlas.
• Intégrer les données dans des processus d’analyse fonctionnelle, tels que GO, CellPhoneDB, KEGG, entre autres
• Développer et mettre en œuvre des pipelines et outils bioinformatiques pour le traitement, le contrôle qualité et l’analyse de jeux de données omiques à grande échelle.
• Collaborer étroitement avec les chercheurs et les cliniciens pour concevoir des expériences, interpréter les résultats et favoriser les découvertes scientifiques.
• Assurer une veille scientifique et intégrer les dernières avancées en bioinformatique et génomique ; contribuer à la communauté scientifique par des publications et présentations.
• Participer à la gestion de l’infrastructure informatique et de stockage (archivage, espaces d’accès aux données).
Qualifications / domaine de formation demandé
• Doctorat (PhD) en bioinformatique, biologie computationnelle, informatique, ou domaine connexe.
• Solide expérience en bioinformatique et génomique, incluant l’analyse de données RNA seq, scRNA seq et/ou épigénomiques.
• Maîtrise des langages de programmation couramment utilisés en bioinformatique, notamment Python et R.
• Expérience avec les outils et logiciels d’analyse omique : STAR, Salmon, Kallisto, DESeq2, RSEM, Seurat, etc.
• Bonne connaissance des méthodes statistiques pour l’analyse différentielle, l’analyse de voies biologiques et le clustering de données omiques.
• Excellentes compétences en communication et capacité à travailler efficacement dans un environnement multidisciplinaire.
• Preuves de productivité scientifique, incluant des publications dans des revues à comité de lecture.
• Une expérience dans le domaine des myopathies ou des troubles neuromusculaires est un atout, mais n’est pas obligatoire.
Informations complémentaires :
Rémunération : de 2408€ à 2930€ bruts mensuels, dont 200€ d’indemnité mensuelle des agents contractuels (prime)
Prise de poste : Septembre 2026
Type de contrat : CDD de catégorie A
Durée du contrat : 26 mois
Candidature : https://umontpellier.nous-recrutons.fr/poste/60vdmpc0p9-ingenieur-en-bio-informatique-fh/
Date de publication de l’offre : 24/03/2026