Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

deep learning genomics heterochromatin evolution

Description

Ce projet entre Sorbonne Université (J. Mozziconacci) et l’Institut Pasteur (R.Koszul) de thèse vise à comprendre comment la séquence d’ADN, à elle seule, peut dicter la formation de l’hétérochromatine chez Schizosaccharomyces pombe. En combinant apprentissage profond, données génomiques (MNase‑seq, ChIP‑seq, RNA‑seq, Hi‑C) et conception in silico de séquences synthétiques, le projet explorera les règles intrinsèques encodées dans l’ADN qui favorisent ou empêchent le dépôt de H3K9me3 et l’organisation nucléaire. Les modèles développés seront validés expérimentalement en collaboration par l’intégration de séquences synthétiques et comparés entre espèces (levures, puis humain) afin d’identifier des principes universels ou spécifiques de la chromatine silencieuse.

Le projet “Sequence‑encoded principles of heterochromatin formation in Schizosaccharomyces pombe” fait parti des projet séléctionnés pour le concours doctoral SU-Pasteur: https://www.sorbonne-universite.fr/projets-selectionnes-programme-doctoral-institut-pasteur

Voir la descripition détaillée ICI