Mots-Clés

cytométrie single-cell pipeline versioning R analyse de données veille communication

Description

Missions

Activites principales
- Spécialiste en bioinformatique avec des connaissances en cytométrie en flux, l’ingénieur.e en expérimentation et instrumentation biologiques travaillera au sein du plateau technique de cytométrie et tri cellulaire de l’lnstitut Toulousain des maladies infectieuses et inflammatoires (Infinity).
- Développer, traiter et analyser des données massives en biologie issues de nouvelles approches de cytométrie en flux à grande échelle.
- Participer à la conception de panels de marquage en cytométrie multiparamétrique conventionnelle et spectrale
- Gérer les données de cytométrie à haute dimension
- Concevoir les traitements informatiques adaptés à la résolution de questions biologiques liées à !’analyse de données complexes
- Développer des solutions graphiques permettant de traiter et d’analyser les données de cytométrie multiparamétrique à haut debit
- Mise en place de pipeline d’analyse des données multidimensionnelles de cytométrie en flux
- Implémenter et développer des outils analytiques de ‘biologie des systèmes’ visant à intégrer des données de cytométrie, d’imagerie, de génomique/transcriptomique en lien avec les autres plateaux d’lnfinity.
- Faire appel à des approches d’IA si nécessaire pour mener ces missions
Activites associees
- Veille bibliographique sur les nouveaux outils d’analyse des données de cytométrie, transcriptomique et imagerie.

Profil recherché

Connaissances :
- Connaissances en bioinformatique
- Connaissances en biologie cellulaire et immunologie
- Connaissances des principes de la cytométrie en flux
- Connaissances en analyse de données de cytométrie supervisées et non supervisées
- Maitrise des langages courants de programmation (R, C++, Python).
- Maitrise des concepts associes à !’analyse des données single-cell (t-SNE, UMAP…).
- Maitrise des outils de machine et deep learning.
- Maitrise des outils de versioning et développement collaboratif (Git, GitHub).
- Maitrise de l’environnement UNIX et du calcul distribue sur cluster (SLURM).
- Maitrise des gestionnaires de workflow (Nextflow).
- Maitrise des langages courants de développement web (HTML, CSS).
- Maitrise des bases de données relationnelles (mySQL, postgreSQL).
- Maitrise orale et écrite de l’anglais scientifique

Compétences
Traiter, integrer et analyser differentes sources de donnees complexes de cytometrie, transcriptomique et imagerie.
- Connaitre les outils d’analyse non supervisées et les adapter à des données de cytométrie mais également de microscopie, de transcriptomique.
- Analyses des données multidimensionnelles de cytométrie par des outils de visualisation en réduction de dimension (t-SNE, UMAP…), de clustering (Phenograph, FlowSOM, …), de dynamique cellulaire (Wanderlust, SCORPIUS, …).
- Aptitude à perfectionner et à développer ses compétences selon !’évolution de l’état de l’art en biologie-sante et bio-informatique.
- Capacite à tester et à évaluer des solutions applicatives sous R.

Savoir être
- Capacite à travailler en équipe, à communiquer avec ses collègues, à vulgariser et à transmettre ses connaissances.
- Faire preuve de rigueur et avoir un sens accru de !’organisation.
- Ouverture d’esprit à des projets scientifiques d’origines diverses.
- Avoir d’excellentes qualités relationnelles.
- Pédagogie.
- Sens critique.