Mots-Clés
Génomique
Métagénomique
Génomique virale
Pipeline
Séquençage short-read
Séquençage long-read
NGS
Description
La plateforme de séquençage GenoBioMICS de l’hôpital Henri Mondor (APHP, Créteil), est une plateforme hospitalière transversale de séquençage dédiée au diagnostic et la recherche biomédicale. C’est également un laboratoire de référence en métagénomique pour le diagnostic et la caractérisation des agents infectieux. Dans le cadre du renforcement de notre plateforme de séquençage à haut débit (NGS), nous recrutons un(e) Ingénieur(e) en Bioinformatique dédié(e) à la surveillance des virus respiratoires (Grippe, SARS-CoV-2, VRS) et à la mise en place d’analyses rapides pour la détection des virus émergents.
Sous la responsabilité du responsable de la plateforme, vous serez le moteur du traitement et de l’analyse des données de séquençage. Vos missions incluent :
- Assurer le génotypage de virus respiratoire,
- Assurer la comparaison de souches (phylogénie, matrice de distance),
- Déterminer les profils de résistance aux antiviraux,
- Analyser les quasi-espèce virale,
- Déposer les séquences générées sur des bases de données nationales et internationales (EMERGEN, GISAID, GenBank et/ou ENA en fonction des projets),
- Collaborer étroitement avec les biologistes et les cliniciens pour traduire les résultats bioinformatiques en données interprétables.
Le laboratoire est engagé dans une démarche de haute qualité et est accrédité selon les normes ISO 15189 et ISO17025. Vous devrez donc assurer la traçabilité complète des analyses, la gestion des versions des outils (via conteneurs) et la rédaction de la documentation technique nécessaire au maintien de l’accréditation pour le diagnostic viral.
La plateforme GenoBioMICS propose un environnement de travail varié, avec des missions et des interactions transversales enrichissantes.
(Fiche de poste institutionnelle disponible sur demande par mail)