Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Génomique Métagénomique Génomique virale Pipeline Séquençage short-read Séquençage long-read NGS

Description

Le CNR des Hépatites Virales (B, C et Delta) de l’hôpital Henri Mondor (APHP, Créteil), a pour mission nationale la surveillance épidémiologique de ces 3 virus, l’expertise virologique et le conseil aux autorités de santé. Dans le cadre du renforcement de notre plateforme de séquençage à haut débit (NGS) nous recrutons un(e) Ingénieur(e) en Bioinformatique dédié(e) à ce CNR.

Dans ce contexte, vos missions seront :

• Développer et optimiser les pipelines d’analyse pour le génotypage et la détection de mutations de résistance,
• Analyser la diversité intra-hôte (quasi-espèces) à partir de données de séquençage profond,
• Développement d’Outils Spécifiques, notamment pour l’automatisation des analyses phylogénétiques et de rendu des résultats,
• Benchmarking de nouvelles solutions de séquençage (Nanopore pour les génomes complets, séquençage de molécules uniques),
• Structurer et maintenir la base de données du CNR.

Le laboratoire est engagé dans une démarche de haute qualité et est accrédité selon la norme ISO 15189. Vous devrez donc assurer la traçabilité complète des analyses, la gestion des versions des outils (via conteneurs) et la rédaction de la documentation technique nécessaire au maintien de l’accréditation pour le diagnostic viral.

Le CNR propose un environnement de travail varié, vous mettant en relation avec des professionnels de spécialités variées.

(Fiche de poste institutionnelle disponible sur demande par mail)