Mots-Clés
Ingénieur d’étude en bio-informatique
Description
Emploi-type Ingénieur d’étude
BAP A – Sciences du Vivant
Missions : L’agent participera activement à la gestion et l’analyse bio-informatique des données de séquençage bulk et en cellule unique du projet DYNHAEMICS, sous la supervision de Matthieu Duchmann, au sein de l’unité INSERM UMR1342. Ce projet, coordonné sur le plan scientifique par le Pr Hugues de Thé et sur le plan médical par le Pr Raphaël Itzykson a pour but de comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la réponse et la résistance des leucémies aiguës myéloïdes à la chimiothérapie.
Activités principales
• Participer à la réception et l’archivage des données de séquençage.
• Interroger des pipelines déjà établis pour l’analyse de données générées au sein du laboratoire (étude du transcriptome et de génotype en bulk et en cellules uniques)
• Paramétrer des outils, logiciels, systèmes pertinents pour les analyses susmentionnées.
• Rédiger des protocoles d’utilisation des outils et des méthodes mises en place/utilisées.
• Veiller au respect des principes d’accessibilité, d’interopérabilité et de portabilité des données et des outils.
Activités associées
• Interagir et apporter un soutien technique à l’ensemble de l’équipe pour les différents projets.
• Adapter les applications informatiques aux besoins du projet.
Connaissances
• Avoir des connaissances approfondies, théoriques et pratiques, en analyses courante destinées à implémenter les différents pipelines d’analyse bio-informatique.
• Anglais : C1 préféré, B2 minimum.
Savoir-faire
• Bonne maitrise des langages de programmation R, Python et Bash
• Maitrise de création d’algorithmes
• Connaissance des systèmes d’exploitation Linux et de la compilation de logiciels
• Maitrise de la biologie
• Maitrise de l’anglais scientifique et technique
Aptitudes
• Apprécier le travail en équipe et posséder de bonnes qualités relationnelles.
• Motivation, dynamisme.
• Etre rigoureux dans son travail et avoir le sens de l’organisation.
• Aimer travailler en collectivité
Expérience souhaitée
• Expérience de stage de bio-informatique en laboratoire de biologie
• Expérience en génomique single-cell préférée.
Diplôme(s) souhaité(s)
• Minimum équivalent BTS ou IUT en biologie/bio-informatique.
Structure d’accueil
Code unité : INSERM UMR1342, Institut de Recherche Saint-Louis et Institut de la Leucémie Paris Saint-Louis
Intitulé : Institut de recherche Saint-Louis
Responsable Directeur : Jean Soulier
Chef d’équipe : Hugues de Thé
Adresse : 16, rue de la grange aux belles – 75010 PARIS
Délégation Régionale : DELEGATION REGIONALE PARIS-IDF CENTRE NORD
Contrat
Type : CDD
Durée : 1 ans (renouvelable une fois)
Rémunération : Selon grille INSERM
Date souhaitée de prise de fonctions : Aussitôt que possible
Pour postuler
Merci d’envoyer votre CV (comportant au moins une personne référente à contacter si nécessaire) et lettre de motivation à : Matthieu DUCHMANN - matthieu.duchmann@aphp.fr