Mots-Clés
INGENIEUR DE RECHERCHE – HEMATOLOGIE MOLECULAIRE -BIOBANQUE
Description
Fonction : INGENIEUR.E EN BIOINFORMATIQUE
Présentation du service : Le laboratoire d’Hématologie est divisé en plusieurs secteurs.
• Cytologie spécialisée
• Immunophénotypage
• Cytogénétique
• Hématologie moléculaire et biobanque
Pour un contrat à durée déterminée de 1 an avec possibilité de renouvellement/titularisation.
Liaisons hiérarchiques : Biologistes du secteur / Pr E. Clappier / Dr M. Duchmann, Dr R Kim / Dr M. Passet, Dr L. Chat
Chef de service Pr J. Soulier
Liaisons fonctionnelles : Biologistes du laboratoire d’hématologie / Ingénieur.es, Technicien.es, Cadres / Services cliniques et biologiques / Plateforme bioinformatique de l’APHP MOABI / Equipe de recherche de l’IRSL
Personnel non médical: 2 cadres médico-techniques / 5 ingénieurs / 36 techniciens / 1 secrétaire 2 agents de réception/logistique
Personnel médical : 3 PU-PH / 2 MCU-PH / 5 PH / 3 AHU / internes, vacataires
Amplitude horaire du service : 8h – 18h00 - journée en 7h30
MISSION DU POSTE
Présentation de l’activité : L’hôpital Saint-Louis et son Institut Hospitalo-Universitaire THEMA « Centre National de Médecine de Précision sur les Leucémies » est le premier centre européen pour les hémopathies malignes (https://www.institut-leucemie.fr/). Le laboratoire d’Hématologie de l’hôpital Saint-Louis occupe une place centrale dans le diagnostic et le suivi des patients, ainsi que dans la recherche clinique et translationnelle sur les maladies du sang.
Le laboratoire d’hématologie est à l’interface entre le soin et la recherche. En effet, les analyses cellulaires et moléculaires permettant de caractériser les leucémies et les syndromes pré-leucémiques, de rechercher des prédispositions génétiques à ces maladies et d’évaluer la réponse au traitement. De plus, le laboratoire continue de développer des approches innovantes d’analyse génomique et mener des travaux de recherche translationnels sur des échantillons de patients afin de progresser dans la compréhension et le traitement de ces maladies.
Mission Générale : Contribuer aux activités de soin et de recherche translationnelle du laboratoire en participant à l’archivage des données brutes générées par les différents secteurs, au développement de pipeline d’analyse et à la structuration des résultats dans des bases de données interopérables pour les biologistes du laboratoire d’hématologie et la recherche.
Missions détaillées :
- Participer à l’archivage des données générées par le laboratoire (par exemple : données de cytométrie en flux, données de séquençage).
- Développer et maintenir des pipelines d’analyse de données générées par le laboratoire (par exemple : données de séquençage capture, données de RNA-seq) et travailler en collaboration avec la plateforme de bio-informatique de l’APHP MOABI.
- Former les ingénieur.es et technicien.nes du laboratoire au lancement de ces analyses.
- Rédiger des protocoles d’utilisation des outils développés et de la gestion documentaire relative à la qualité.
- Participer à la mise en place d’une base de données interopérable des résultats des données de soins générées par le laboratoire pour permettre leur utilisation par les biologistes du laboratoire.
PROFIL DU CANDIDAT
Niveau I (BAC+4/+5)
Avoir des connaissances approfondies, théoriques et pratiques, en analyses courantes bio-informatique en génomique et dans la gestion de bases de données.
Expérience professionnelle souhaitée dans le milieu hospitalier ou la recherche en biologie
Compétences/savoir-faire requis :
- Bonne maitrise des langages de programmation R, Python, Bash
- Utilisation de gestionnaires de workflow (Snakemake, Nextflow)
- Utilisation des systèmes d’exploitation Linux et de la compilation de logiciels
- Expérience dans les principales analyses bio-informatique en santé (variant calling, RNA-seq)
- Expérience dans la gestion de bases de données
Connaissances requises :
- Connaissances générales en médecine et en biologie, en particulier en génomique
- Connaissances générales en statistiques
- Maîtrise de l’anglais écrit
Qualités professionnelles requises :
- Grande rigueur dans le traitement des données
- Capacité d’organisation et d’initiative
- Apprécier le travail en équipe
- Motivation et dynamisme apprendre et développer de nouvelles compétences
POUR POSTULER
Dr Matthieu Duchmann : matthieu.duchmann@aphp.fr / Dr Rathana Kim, Biologistes : rathana.kim@aphp.fr
ETABLISSEMENT
Hôpital SAINT-LOUIS : 1, AVENUE CLAUDE VELLEFAUX - 75010 PARIS 10EME
SERVICE
Laboratoire Central d’Hématologie