Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

scRNASeq Bulk RNA-seq metabolomics public data omics gestion de projet

Description

Projet de recherche Contexte scientifique

Le Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM) recrute un(e) Ingénieur d’étude en bio-informatique en CDD pour le projet MetConnect:

Le projet MetConnect est une action structurante soutenue par le Cancéropôle PACA et Corse et dédiée à l’analyse de profils métaboliques tumoraux, tous types de tumeurs, coordonnée par les Drs Sophie Vasseur du Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille et Frédéric Bost du Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire à Nice. Cette action est pilotée par un conseil scientifique composé des représentants des laboratoires participants au projet.

Le temps du bio-informaticien sera organisé de la façon suivante:
- 80% de temps sera dédié aux analyses bio-informatiques
- 20% de son temps sera dédié à la gestion des projets soumis à MetConnect (organisation des réunions et suivi des projets)

Il sera positionné au CRCM et sera intégré à la plateforme de bio-informatique intégrative Cibi dirigée par Dr Ghislain Bidaut. Il sera directement dirigé par Drs Sophie Vasseur et Frédéric Bost en ce qui concerne la gestion de projets et par Dr Ghislain Bidaut en ce qui concerne les aspects technologiques.

Missions

• Coordination des projets au niveau de leur parcours sur MetConnect, de leur soumission au conseil scientifique jusqu’à production du rapport d’analyse final.
• Analyse des données « omics » des projets soumis à la plateforme MetConnect (principalement transcriptomique, RNA-seq, Métabolomique) dans le cadre d’une recherche en cancérologie.
• Veille technologique sur l’analyse de données en bioinformatique.
• Présenter ses résultats analytiques aux porteurs de projets. Contribuer aux M&M des articles.

Compétences

• Ingénieur (Bac+5 Ecole d’ingénieur/Master) en bioinformatique
• Analyse de données Omiques (RNA-seq bulk et Single-cell, Métabolomique, données publiques)
• Très bonne capacité à travailler en équipe dans un environnement pluridisciplinaire.
• Intérêt prononcé pour la gestion de projet.
• Intérêt prononcé dans l’analyse de données « omiques ».
• Très bonne capacité à utiliser les outils informatiques du domaine (R, Bioconductor, développement Python, Gestionnaire de version Git).
• Très grande rigueur dans les analyses et capacité à rédiger des rapports d’analyse concis et rigoureux.
• Bonne capacité à transmettre ses connaissances et à communiquer dans un environnement pluridisciplinaire.