Mots-Clés
RNAseq
scRNAseq
Epigénomique
Illumina
R
Bash
Recherche biomédicale
Description
Contexte
L’Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA) est un établissement du Service de Santé des Armées dédié à la recherche biomédicale de défense et de sécurité nationale. Notre objectif consiste à améliorer la protection des militaires et leur prise en charge médicale, à préserver dans le temps leur état de santé et à garantir au mieux leur performance.
Au sein de l’IRBA, l’unité de Biologie Moléculaire joue un rôle clé dans l’analyse et la valorisation de données issues de projets à fort contenu omique (génomique, transcriptomique, épigénomique). Pour cela, elle développe et maintient des pipelines d’analyse, et accompagne les unités de recherche dans l’interprétation et l’exploitation de ces données pour en tirer des résultats scientifiques pertinents.
Dans ce contexte, nous recrutons un·e alternant·e en bioinformatique pour contribuer aux activités de la plateforme.
Missions
Encadré·e par un·e chercheur·e bioinformaticien·ne, vous participerez à plusieurs projets de recherche et de développement :
Analyse de données
• Mettre en œuvre et adapter des pipelines d’analyse pour des données de single-cell RNA-seq et d’épigénomique (ATAC-seq, ChIP-seq, méthylation)
• Réaliser des analyses de données biologiques incluant, par exemple, des approches de type expression différentielle (DESeq2 ou équivalent) dans le cadre des projets
• Produire des visualisations et synthèses interprétables par les biologistes
Développement et structuration
• Développer, optimiser et documenter des workflows reproductibles (Snakemake / Nextflow ou scripts structurés)
• Améliorer les outils existants de la plateforme
• Participer à l’organisation, la structuration et la traçabilité des données et analyses afin de faciliter le travail collaboratif entre bioinformaticiens
Interaction scientifique
• Collaborer avec les équipes expérimentales pour comprendre les besoins biologiques
• Participer aux réunions de projets et présenter les résultats
• Effectuer une veille bibliographique et technologique
Profil recherché
Formation
• Étudiant·e en Master ou école d’ingénieur
• Spécialisation en bioinformatique
Compétences techniques
• Bonnes bases en programmation (Python, R, Bash)
• Connaissances en analyse de données de séquençage (NGS)
• Intérêt pour les données single-cell et/ou épigénomiques
• Environnement Linux
• Sensibilité aux problématiques de reproductibilité et d’organisation des analyses
Savoir-être
• Rigueur scientifique et sens de l’organisation
• Curiosité et capacité d’apprentissage
• Esprit d’équipe et communication avec des profils interdisciplinaires
• Autonomie progressive
Environnement de travail
• Plateforme de bioinformatique intégrée à un institut de recherche public
• Analyses réalisées sur stations de travail dédiées, avec un accent sur la gestion rigoureuse et sécurisée des données
• Encadrement par des ingénieurs et chercheurs expérimentés
• Projets variés au sein du laboratoire, au contact direct des équipes biologiques
Ce que nous offrons
• Une formation pratique à la bioinformatique appliquée à des projets liés à la santé
• Une immersion dans un environnement de recherche multidisciplinaire
• Une montée en compétences sur les données single-cell et épigénomiques
• Participation à des formations (internes ou externes)