Mots-Clés
scRNA-seq
cellular trajectory
modélisation
GRN
bio informatique
Description
Nous recherchons un.e ingénieur.e bio-informaticien.ne pour rejoindre notre consortium CellPath. Un financement de 18 mois est disponible dans l’équipe Jarriault (IGBMC, Strasbourg) ; ce travail sera en lien avec l’équipe Heinrich (SBRI, Lyon).
Notre consortium travaille sur la plasticité cellulaire et la capacité de cellules différenciées à changer d’identité, un phénomène appelé reprogrammation directe ou transdifférenciation. Nous étudions la trajectoire de transdifférenciation (rectale-vers-neurone) observée naturellement chez C. elegans. Dans un second temps, nous la comparons à une trajectoire gliale-vers-neurone dans un modèle murin pour en extraire les mécanismes communs.
Equipe Jarriault : Nous avons identifié des évènements naturels de reprogrammation directe chez C. elegans, un petit ver microscopique (http://hobertlab.org/c-elegans-nobel-prizes/), que nous étudions à l’échelle de cellules uniques. Nous avons développé une méthode pour purifier au cours du temps une cellule unique qui se reprogramme, et avons obtenu de nombreuses données bulk, single cell RNA Seq et Dam ID. Avec ces outils nous voulons suivre non seulement la dynamique transcriptionnelle, mais aussi les états cellulaires intermédiaires (« Transitions states ») et la dynamique des GRNs au cours de la reprogrammation pour en identifier les nœuds de régulations clé, et ce in vivo dans un modèle intégré et physiologique. Notre équipe, internationale (http://igbmc.fr/research/department/1/team/8/), est située à l’IGBMC (http://igbmc.fr/), un institut multidisciplinaire à Strasbourg.
En sus des interactions avec les bio-informaticien.nes de nos équipes, vous interagirez directement avec d’autres équipes intéressées par des thématiques et des approches similaires (http://igbmc.fr/research/department/1/team/131/, http://igbmc.fr/research/department/1/team/6/, https://www.igbmc.fr/equipes/regulation-genomique-computationnelle par ex), ainsi que les bio-informaticien.nes liés à la plateforme de séquençage de l’institut.
Connaissances et compétences mobilisées
- Connaissance des données de génomique et de bio-analyse
- Connaissance des outils d’analyse et de visualisation des données RNA-Seq et idéalement DAM ID, ATAC Seq
- Connaissance des méthodes d’analyse des données de génomique single cell et des méthodes de classifications utilisées (ACP, K-means, t-SNE, PLS…)
- Maitrise de l’environnement Unix/
- Langages bash, R, Python ou Perl
- Connaissances en biologie
Plus :
- Expérience dans le développement de pipelines d’analyse de données
Missions
- Prise en charge du transfert et stockage des données brutes sur les serveurs des équipes
- Mise en place d’un système d’archivage standardisé des analyses (protocoles, codes, etc, et des paramètres clés pour chacune), dans les équipes
- Mise en place dans l’équipes (et éventuel développement) d’outils d’analyse et interfaces utilisables par les chercheurs de l’équipe : omics, RNA-Seq
- Participation à la bio-analyse des données omics (RNA Seq surtout) générées dans le laboratoire (contrôle qualité et analyse) et leur interprétation – cross comparaison entre modèles.
- Participation à la rédaction des sections spécialisées des articles
Qualités requises
- Autonome et rigoureu.se, qualités relationnelles, goût pour le travail d’équipe et le partage des connaissances. Esprit d’initiative, curiosité, créativité technique.
- Maitrise de l’anglais scientifique
Niveau d’étude :
Master ou ingénieur en bio-informatique ou bio-statistiques avec expérience de recherche, ou docteur
Pour candidater, merci d’envoyer un CV détaillé (avec expérience de recherche et liste de publications), une lettre de motivation et les contacts de 2-3 références à Sophie Jarriault : sophie@igbmc.fr