Mots-Clés

Génomique comparative développement workflow principes FAIR

Description

L’ingénieur.e recruté.e travaillera au sein du programme PEPR ATLASea , dont les objectifs sont d’échantillonner, séquencer et analyser les génomes de 4 500 espèces marines des côtes françaises avec une forte couverture des espèces de métropole et incluant des espèces des territoires ultramarins. Piloté par le CNRS et le CEA et financé pour 8 ans, ATLASea est un consortium de 7 institutions et 5 fédérations et infrastructures de recherche rassemblant environ 80 ingénieur.e.s et chercheur.e.s. Le poste intervient dans le projet ciblé BYTE-Sea , qui développe l’infrastructure informatique d’ATLASea et les outils de traitement et d’analyse des données mises à la disposition de la communauté internationale. L’ingénieur.e recruté.e travaillera au sein de l’équipe DYOGEN (Dynamique et Organisation des Génomes) à l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS), institut de recherche fondamentale multidisciplinaire dans le 5ème arrondissement de Paris. Il/Elle interagira étroitement avec les partenaires impliqués dans le programme (IFREMER-SeBiMer (Plouzané), GenOuest (Rennes), IFBcore (Paris), Plateforme ABIMS (Roscoff), MNHN (Paris) et Genoscope (Evry)).

Les Missions

La personne recrutée aura pour mission de développer de nouvelles solutions informatiques pour construire des familles de gènes et reconstruire leur histoire évolutive à partir de données de synténie et d’évolution moléculaire. La personne recrutée exécutera les calculs nécessaires pour maintenir à jour le portail ATLASea avec les données de génomique comparative issues d’outils existants et des nouveaux outils développés.

Activités

• Mettre en place des solutions innovantes (modèle de données, logiciels publiés) pour répondre aux challenges technologiques de comparaison de milliers de génomes eucaryotes annotés
  • Participer au développement de nouvelles méthodes bioinformatiques avec les chercheurs de l’équipe
  • Développer les workflows d’analyse avec une parallélisation des tâches sur un cluster de calcul (HPC)
  • Collaborer avec les différents acteurs du projet ATLASea, pour favoriser une qualité et une reproductibilité optimales des données et leur mise à disposition auprès de la communauté internationale.
  • Organiser, préparer et maintenir des pipelines d’analyse de données bioinformatiques selon les principes FAIR (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable : https://www.ouvrirlascience.fr/fair-principles/).
  • Structurer et gérer le stockage à long terme des données de génomique comparative en collaboration avec les partenaires du projet BYTE-Sea.
  • Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines de la génomique et de la bioinformatique / biologie computationnelle.
  • Participer à la diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales

Plus de détail: https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR8197-VALHER-236/Default.aspx