Mots-Clés
développement logiciel
bioinformatique
gmp
international
biotechnologie
automatisation
bio-informatique
Description
PathoQuest, a Charles River company, est une société spécialisée de prestation de service (CRO). Elle développe et met en œuvre des solutions de contrôle qualité appliquées aux produits pharmaceutiques d’origine biologique. Ses analyses s’appuient sur le séquençage haut débit, des pipelines bioinformatiques spécialisés, des bases de données de référence et des outils logiciels utilisés dans un environnement réglementé GMP.
Dans ce contexte, les équipes bioinformatique et software interviennent après les phases d’innovation et de développement initial afin de consolider, automatiser, documenter et fiabiliser les outils avant leur utilisation opérationnelle ou leur validation. Par la suite, les équipe s’assure du maintient à un niveau scientifique et règlementaire optimal les outils existant.
PathoQuest recherche un ou une alternante, au sein de l’équipe Tech Ops, sous la responsabilité du développeur logiciel statutaire, pour contribuer à ces activités de développement logiciel appliqué à la bioinformatique. Les sujets confiés porteront sur des outils existants ou en cours de transfert vers un usage plus robuste, reproductible et documenté.
Sujet de l’alternance
Le sujet porte sur l’amélioration, la fiabilisation et l’industrialisation d’outils bioinformatiques utilisés pour analyser des données de séquençage, générer des indicateurs de qualité, automatiser des traitements ou préparer des composants logiciels à un usage en environnement réglementé. L’alternant ou l’alternante interviendra sur des développements concrets après une première phase d’innovation ou de prototypage. L’objectif sera de transformer des scripts, pipelines ou modules existants en outils plus robustes, testables, maintenables et documentés.
Les sujets confiés pourront par exemple concerner :
- L’automatisation de workflows.
- La construction ou la mise à jour de bases de données de référence.
- La génération de manifestes, checksums et informations de version.
- La préparation de scripts ou pipelines pour un usage reproductible.
- La documentation technique et la traçabilité des développements.
Le sujet pourra mobiliser plusieurs outils ou concepts selon les projets confiés :
- Python, Bash, R selon les besoins
- Linux et ligne de commande
- Snakemake ou autre outil de workflow
- Git
- Données de séquençage haut débit
- Fichiers FASTA, FASTQ, BAM ou formats similaires
- Analyse de variants ou comparaison de séquences
- Bases de données de référence
- Tests de reproductibilité
- Documentation technique en français ou en anglais
Formation en préparation et compétences recherchées :
Étudiant(e) titulaire d’un Bac+3 (Licence) pour effectuer un Master 1 et Master 2 (2 ans) ou en école d’ingénieur en bioinformatique, informatique appliquée aux sciences du vivant, biostatistiques, data science ou formation équivalente en alternance.
Vous avez un intérêt fort pour le développement logiciel, la bioinformatique, les pipelines, l’automatisation, la qualité des données et la reproductibilité. Une première expérience universitaire avec Python, Bash, Linux, Git ou Snakemake serait appréciée.
Des connaissances générales en séquençage haut débit, génomique, biologie moléculaire ou analyse de variants afin de comprendre les données serait un plus.
Le poste reste centré sur le développement bioinformatique et logiciel.
Qualités attendues
Étudiant(e) très motivé(e), impliqué(e), curieux(se), sérieux(se), rigoureux(se), ayant le sens de l’organisation, fiable, persévérant(e), autonome, intéressé(e) par la biotechnologie innovante, aimant formuler et tester des hypothèses mais également capable de s’adapter à un cadre plus strict des GMP, à l’aise dans un environnement international.
Ce que vous apprendrez
Cette alternance vous permettra de travailler sur des outils bioinformatiques utilisés dans un contexte industriel et réglementé. Vous développerez des compétences en développement logiciel, analyse de données de séquençage, automatisation, gestion de bases de données de référence, traçabilité et documentation.
Niveau d’anglais intermédiaire (B1) pour être en mesure d’échanger avec les collègues basés aux Etats-Unis.
Nature du contrat : Alternance pour 2 ans.
Candidature : Envoyez votre candidature à : careers@pathoquest.com