Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Microbiome, santé intelligence artificielle apprentissage automatique biostatistiques

Description

Bioinformatique, microbiome, santé humaine
Durée : 18 mois
Localisation : MEDiS Clermont-Fd
Contexte :
Le laboratoire MEDiS utilise des approches d’intelligence artificielle pour le développement de diagnostics prédictifs de pathologies en périnatalité. Les données de séquençage de microbiomes associées aux métadonnées cliniques constituent les supports de l’apprentissage automatique. Des scores de risque doivent être intégrés aux prédictions. De grands jeux de données issus de larges cohortes au niveau international ou dans un contexte local sont à disposition. Les travaux sont réalisés en collaboration avec les cliniciens du CHU de Clermont-Ferrand.
La personne qui sera recrutée doit posséder des compétences en analyse des données de séquençage métagénomique. Elle devra réaliser les analyses de diversité, les reconstructions de génomes ainsi que les annotations et caractérisations métaboliques. Des comparaisons seront effectuées en s’appuyant sur des analyses statistiques.
Compétences techniques
- Analyses bioinformatiques : Caractérisation des microbiomes. Analyses métagénomiques (diversité, reconstruction et comparaison de génomes, annotations, reconstructions métaboliques).
- Analyses biostatistiques : Maîtrise des méthodes statistiques et computationnelles pour l’analyse comparative de données métagénomiques.
Compétences non techniques
- Esprit d’analyse et de résolution de problèmes : Capacité à transformer des questions complexes en problèmes de science des données solubles et à trouver des solutions créatives.
- Communication : Aptitude à présenter des résultats complexes de manière claire et concise à des publics non techniques (médecins, biologistes) et à justifier les choix méthodologiques.
- Travail en équipe : Capacité à collaborer efficacement au sein d’équipes pluridisciplinaires, intégrant des experts de la santé et de la biologie.
- Rigueur et autonomie : Souci du détail indispensable pour valider la robustesse des méthodes statistiques et assurer la fiabilité des diagnostics.
Formation et Expérience
- Master 2 avec une expérience minimale de 2 ans ou doctorat en bioinformatique.
- Expérience en analyse des données de séquençage métagénomique.
- Expérience en recherche clinique ou analyse de données médicales serait un plus.

Contacts pour candidature (CV et lettre de motivation) : Pr. Pierre PEYRET (pierre.peyret@uca.fr) et Dr. Sophie COMTET-MARRE (sophie.marre@uca.fr)

Avantages et conditions de travail :
Fourchette entre 27 k€ et 34 k€ bruts annuels, selon le profil
Prime de précarité de 10%
Ticket-restaurant : 9,5€ (part employeur 60%)
Mutuelle/Prévoyance premium : prise en charge à 80% par l’employeur
Rattaché à la Convention collective SYNTEC

Information complémentaire :
Les travaux sont menés avec le soutien de Clermont Auvergne Innovation (CAI), qui est la filiale du site académique Clermont Auvergne et a pour missions : la valorisation, le transfert de technologie, la création et l’accélération d’entreprises de technologies innovantes et plus particulièrement des start-up Deeptech issues des laboratoires. CAI sera l’employeur.