Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

ADN circulant RNA Seq Oncologie

Description

Présentation du contexte :
Dans un cadre de recherche clinique sur la résistance aux thérapies, nous recherchons un(e) bioinformaticien(ne) pour assurer le traitement et l’analyse des données de séquençage ADN circulant et ARN.

Missions principales :

• Traitement des données (Pipeline) : Mise en œuvre et optimisation de pipelines de traitement (QC, alignement, quantification, appel de variants).
• Analyse de l’expression différentielle : Identification des gènes différentiellement exprimés.
• Identification de signatures moléculaires de l’adaptation ou la résistance tumorale.
• Analyse fonctionnelle : Interprétation des signatures (Gene Ontology, GSEA, Pathways, etc.).
• Visualisation : Création de figures pour publication (Heatmaps, Volcano plots, PCA, etc.).
• Gestion de données : Organisation des fichiers et archivage des résultats.

Profil recherché :

Formation : Master 2 en Bioinformatique ou équivalent. Une expérience professionnelle en RNA-seq est un plus.

Compétences techniques :

• Maîtrise impérative de langages de scripting et workflow: Python, Bash, R, Snakemake, etc.
• Expérience sur environnement Linux/Unix (ligne de commande), une expérience avec un ordonnanceur (Slurm, etc.) est un plus.
• Connaissance des outils classiques (STAR, Salmon, DESeq2, edgeR, clusterProfiler, etc).

Qualités : Rigueur méthodologique, esprit de synthèse et capacité à travailler en interaction avec des équipes pluridisciplinaires.