Mots-Clés
Transcriptomique
RNA-seq
Nanopore
Direct RNA sequencing
Génomique fonctionnelle
Lymphocytes B
Immunologie
Cancérologie
Description
Les travaux de recherche du laboratoire sont consacrés à l’étude de la lignée cellulaire B, notamment à travers l’étude des régulations moléculaires et cellulaires qui contrôlent son développement et son homéostasie, en physiologie comme en pathologie. https://www.unilim.fr/cribl/
Mission principale :
Contribuer au développement et à la mise en œuvre d’approches bioinformatiques innovantes visant à caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans l’activation, la différenciation et la transformation maligne des lymphocytes B humains. La personne recrutée participera à l’analyse, l’intégration et l’exploitation de données de séquençage à haut débit générées au laboratoire (ainsi que de jeux de données publics), afin d’identifier de nouveaux mécanismes de régulation du génome et du transcriptome des cellules B physiologiques et pathologiques.
Activités principales :
• Développer et mettre en œuvre des pipelines d’analyse de données de séquençage (RNA-seq, long-read Nanopore, LAM-HTGTS, INDUCE-seq, direct RNA-seq, etc.)
• Contribuer à l’analyse des données de transcriptomique afin d’identifier et caractériser des ARN codants et non codants (ARN circulaires, eRNAs, etc.)
• Participer à l’analyse des données de séquençage visant à cartographier les cassures double brin de l’ADN et les événements de recombinaison génomique
• Réaliser les données de séquençage longue lecture (Nanopore) pour la caractérisation de transcrits complexes et de réarrangements génomiques
• Intégrer et réanalyser des jeux de données publics (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, etc.)
• Assurer l’organisation, la traçabilité et la reproductibilité des analyses bioinformatiques (gestion des scripts, versions, pipelines et données)
• Participer à l’interprétation biologique des résultats en interaction étroite avec les chercheurs et étudiants de l’équipe
• Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines du séquençage haut débit, des technologies longue lecture et de l’analyse de données omiques.
Spécificité(s) et environnement du poste :
• La personne recrutée sera intégrée à la structure bioinformatique du laboratoire CRIBL (campus Santé de l’Université de Limoges) et contribuera à son développement
Connaissances • Participation à l’analyse de données de séquençage haut débit et de données omiques
• Transcriptomique et génomique fonctionnelle
• Notions de biologie moléculaire, génétique et régulation de l’expression génique
• Des connaissances en immunologie et/ou cancérologie constitueraient un atout
Savoir-faire :
• Compétences dans la collecte, le traitement et l’analyse de données de séquençage (contrôle qualité, alignement, etc.)
• Utilisation d’un cluster de calcul via un ordonnanceur de tâches (type SLURM)
• Travail sous environnement Linux/Unix
• Maitrise du langage R
• Anglais scientifique
Aptitudes :
• Appétence pour l’analyse et l’interprétation de données biologiques
• Capacité à communiquer dans un environnement scientifique pluridisciplinaire
• Travail en équipe, sur plusieurs projets en parallèle
Expérience(s) souhaitée(s) :
• Expérience préalable en bioinformatique appliquée aux données de séquençage haut débit
• Une expérience en transcriptomique, séquençage longue lecture ou génomique fonctionnelle serait particulièrement appréciée
Niveau de diplôme et formation(s) :
• Bac +5 en bio-informatique