Mots-Clés

pangénomique Relations hôte-pathogène immunologie inflammation

Description

Description du Poste

Sujet De Thèse

Caractérisation pan-génomique des dynamiques d’élément transposables chez des populations d’Arabidopsis autogames et hétérogames
Le projet de doctorat s’inscrit dans le cadre d’une bourse CNRS 80Prime, menée conjointement par l’équipe d’accueil et l’équipe Castric à Lille. Il vise à étudier l’impact des systèmes de reproduction sur les paysages d’éléments transposables (ET) à partir de génomes à lecture longue d’Arabidopsis thaliana, d’Arabidopsis lyrata et d’Arabidopsis halleri, notamment pour des souches nord-américaines d’A. lyrata et japonaises d’A. halleri issues de populations naturelles présentant des modes de reproduction contrastés. Après la reconstruction de l’histoire des populations et de la perte d’auto-incompatibilité chez les souches nord-américaines d’A. lyrata et japonaises d’A. halleri, réalisées par des collaborateurs, le/la doctorant(e) sera responsable de l’analyse des graphes pangénomiques des ET récemment mobiles, à partir des génomes à lecture longue d’A. lyrata et d’A. halleri. Il/Elle analysera ensuite les polymorphismes d’insertion des ET au sein des populations et estimera les effets des changements vers l’autofécondation, au sein et entre individus autofécondés, sur les paysages d’ET. Le doctorant sera accueilli au sein de l’équipe de Pierre Baduel à l’IBENS, où il utilisera le cluster de calcul haute performance de l’IBENS pour toutes ses analyses génomiques. Il sera co-encadré par Vincent Castric. Le doctorant rendra compte chaque semaine à Pierre Baduel et organisera des réunions mensuelles avec ses deux directeurs de thèse, dont une en présentiel par trimestre (voir le budget pour les missions à Lille et Paris). Il sera également responsable de la diffusion des résultats lors de congrès nationaux et internationaux, ainsi que de la coordination des échanges de données avec les collaborateurs : l’équipe de Sylvain Glemin pour la reconstitution de l’histoire des populations et l’équipe de Tsuchimatsu pour le séquençage long des génomes des populations japonaises d’A. halleri.

Votre Environnement de Travail

Équipe PEpiTE (Polyploidy, Epigenetics, and TEs)
Implantation de l’unité : Institut de Biologie de l’École Normale Supérieure (IBENS), CNRS UMR8197 – INSERM U1024, 46 rue d’Ulm, 75005 Paris

Contraintes et risques

Présentiel 5j/5. Possibilités télétravail ponctuel. Travail sur écran.

Rémunération et avantages

La rémunération est d’un minimum de 2300,00 € mensuel

Congés et RTT annuels 44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Transport : Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Candidater sur le site : https://emploi.cnrs.fr/Offres/Doctorant/UMR8197-VALHER-238/Default.aspx