Mots-Clés
annotation fonctionnelle
orthologie
chemorecepteurs
evolution
phylogénomique
Description
Bonjour à toutes et tous,
Nous proposons un stage de M2 orienté recherche localisé sur le campus de l’INRAE de Toulouse (UMR GenPhySE & LRSV) visant à caractériser la variabilité intra- et interspécifique du contenu en gènes chez les récepteurs olfactifs des abeilles du genre Apis. Le stage sera co-encadré par Jean Keller (CNRS) et moi-même (INRAE).
Ce stage a pour objectif d’explorer la variabilité du contenu génétique à partir d’au moins quatre assemblages de référence générés à l’aide de technologies de séquençage à longues lectures. Ces assemblages couvrent environ un million d’années de divergence évolutive au sein des abeilles à miel. Des assemblages supplémentaires issus de différentes espèces du genre Apis, représentant plus de 20 millions d’années de divergence, seront également intégrés à l’étude afin de couvrir une plus grande diversité.
Ce travail reposera sur une approche bioinformatique combinant plusieurs pipelines d’annotation du contenu en gènes (dont BRAKER), l’identification de gènes orthologues (dont OrthoFinder), ainsi que des analyses de synténie. Via des approches de phylogénétique ciblée, l’évolution du nombre de copies de gènes sera ensuite examinée afin de mieux comprendre les mécanismes et la dynamique de gain, perte et duplication de ces gènes pour interpréter cette éventuelle variation du nombre de copies au cours de l’évolution des espèces du genre Apis. Enfin, le stage visera à identifier des changements de pressions de sélections associés à certains clades de récepteurs.
Plus d’informations (dont le contexte scientifique & les modalités de candidature): https://thibaultleroyfr.github.io/pdf/Stage_M2_GenPhySE-LRSV_RecepteursOlfactifs.pdf.
A noter que les candidatures seront évaluées au fil de l’eau. En conséquence, un ou une candidate pourra être sélectionnée avant la fin de validité de l’offre. Nous encourageons donc les étudiants fortement intéressés par ce sujet à soumettre leur candidature dans les meilleurs délais.
Bien cordialement,
Thibault Leroy