Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

RNAseq single-cell RNAseq snRNAseq bash R Python Cluster Transcriptomique Osteosarcoma

Description

Nous avons besoin d’un ingénieur d’étude (IE) bac +5 afin d’analyser des données de single cell RNAseq/single nuclei RNAseq et de transcriptomique pour étudier l’hétérogénité tumorale de l’ostéosarcome (OS), une tumeur osseuse maligne rare. Le laboratoire possède une immense collection d’ostéosarcome et des données notamment de single-nuclei RNAseq ont déjà été générées. Votre mission ira de l’étape d’alignement des données jusqu’à l’identification cellulaire et cela en collaboration avec l’équipe d’anatomopathologiste du CHU de Toulouse, sous la direction du Professeur Anne Gomez-Brouchet.

Etudes attendues : Baccalauréat +5 spécialisé en bioinformatique

Poste : Ingénieur d’Etude - CDD

Début : Idéalement à partir du 1er octobre

Activité(s) générique(s) du métier:

• Organiser le recueil, stockage et contrôle des données
• Développer, tester et implémenter des pipelines d’analyse bioinformatique
• Effectuer des analyses computationnelles et statistiques en transcriptomique
• Discuter des résultats avec les membres de l’équipe
• Mettre en forme les résultats en vue de publications et assurer la pérennité des outils et résultats à travers des outils de gestion de projet et de documentation adaptés
• Diffuser et valoriser les résultats et réalisations sous forme de rapports, brevets, publications, présentations orales, y compris en Anglais

Pré-requis et qualifications INDISPENSABLES:

• Maîtrise du travail sous linux en ligne de commande (bash)
• Maîtrise d’au moins un langage de script (ex. Python, R ou bash)
• Expérience en gestion de projet et documentation
• Exprérience en analyse transcriptomique

Pré-requis et qualifications SOUHAITES:

• Expérience en analyse de données single cell RNAseq ou single nuclei RNAseq
• Expérience cluster de calcul
• Concept biologique en cancérologie ou en biologie humaine
• Expérience en gestion de projet et documentation

Contacts pour candidature (ou éventuelles questions) :

Anne Gomez-Brouchet - gomez.anne@chu-toulouse.fr
Eeckhoutte Alexandre - Eeckhoutte.Alexandre@iuct-oncopole.fr