Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Apprentissage automatique poule pondeuse méthylation horloge épigénétique statistiques

Description

Dans un contexte de croissance rapide de la demande mondiale en protéines animales, le projet de thèse « Horloge épigénétique chez la poule pondeuse (EpiClock) » s’inscrit dans les enjeux actuels de durabilité de la filière avicole, et en particulier de la production d’œufs. En France, premier producteur européen, la filière fait face à un enjeu majeur : allonger la durée de carrière des poules pondeuses qui est aujourd’hui d’environ 70 semaines au-delà de 90 semaines, afin d’améliorer l’efficience économique et environnementale des systèmes de production, tout en maintenant les performances de ponte, la qualité des œufs et la santé animale.

Cela implique de mieux comprendre les mécanismes biologiques du vieillissement épigénétique, déterminant de la longévité fonctionnelle, un caractère clé mais encore difficilement mesurable, et donc à ce jour impossible à intégrer efficacement dans les programmes de sélection. L’objectif de cette thèse est de développer et d’exploiter une horloge épigénétique chez la poule pondeuse adulte, fondée sur la méthylation de l’ADN, afin d’estimer un âge biologique reflétant l’état physiologique réel des animaux. En s’appuyant sur des données de méthylation multi-âges déjà disponibles (de 30 à 130 semaines) et des méthodes d’apprentissage automatique, le projet vise à construire des modèles prédictifs précis de l’âge épigénétique. L’écart entre âge épigénétique et âge chronologique sera ensuite analysé comme indicateur du vieillissement fonctionnel, de l’état de santé et des conditions d’élevage (sol versus cage).

Ce projet s’inscrit dans le PEPR « Agroécologie et Numérique », financé par l’ANR via le projet national ADAAPT, pour lequel une demi-bourse de doctorat est déjà acquise. Il repose également sur un jeu de données exceptionnel de méthylome et de phénotypes collectées sur plusieurs milliers de poules pondeuses âgées de 70 et 90 semaines, issu du projet européen GERoNIMO (2021–2026). À l’interface entre génétique, épigénétique et science des données, ce projet vise à produire des connaissances fondamentales et des outils concrets pour améliorer durablement la filière œuf, en cohérence avec les priorités scientifiques de l’Institut Agro et de la Région Bretagne.