Mots-Clés
Microbiote
Analyse multi-omique
Machine Learning
RStudio
NGS
Recherche translationnelle
Biomarqueurs
Post-doctorat
Clermont-Ferrand
Description
PROFIL DE POSTE
Ingénieur de recherche / Post-doctorant en bioinformatique et intelligence artificielle appliquées aux données multi-omiques et à la recherche translationnelle
À pourvoir à partir d’octobre ou novembre 2026
IDENTIFICATION DU POSTE
Métier : Ingénieur de recherche / Post-doctorant
Prise de fonction : Octobre/novembre 2026 (date à convenir selon les disponibilités du candidat)
Quotité de travail : 100 %
Durée du contrat : 36 mois
Jours travaillés : du lundi au vendredi en horaire de journée.
Responsable(s) hiérarchique(s) : Pr David BALAYSSAC (ORCID : 0000-0002-6126-6588)
Dr Frédéric CARVALHO (ORCID : 0000-0003-1592-2369)
Lieu d’exercice : Le candidat sera accueilli au sein de l’UMR1107 Neuro-Dol (INSERM/UCA), située à l’UFR de Médecine et de Pharmacie (Clermont-Ferrand). Il évoluera dans un environnement de recherche translationnelle en interaction étroite avec les services cliniques, le Centre de Ressources Biologiques (CRB) et les plateformes technologiques du CHU Clermont-Ferrand et de l’UCA.
PRESENTATION DU SERVICE
L’UMR1107 Neuro-Dol est une unité mixte de recherche INSERM/Université Clermont Auvergne reconnue internationalement pour ses travaux sur les mécanismes physiopathologiques des douleurs chroniques et le développement de nouvelles approches diagnostiques et thérapeutiques. Les recherches menées au sein de l’unité reposent sur une approche translationnelle intégrant études fondamentales, modèles précliniques et cohortes cliniques.
Le candidat intégrera une équipe développant des projets innovants sur les interactions entre microbiote intestinal, métabolisme, système nerveux et douleur chronique.
Sous la responsabilité du Dr Frédéric CARVALHO, le projet portera principalement sur l’identification de biomarqueurs microbiens et métaboliques des douleurs chroniques, notamment des neuropathies périphériques chimio-induites (CIPN) et des douleurs abdominales chroniques. Les approches développées associent analyses multi-omiques (microbiote, métagénomique, lipidomique, métabolomique, transcriptomique), intelligence artificielle et validation dans des modèles précliniques.
En collaboration avec le Pr David BALAYSSAC, spécialiste des neuropathies périphériques chimio-induites et de leur prise en charge, le candidat participera à des projets de recherche translationnelle associant cohortes de patients, analyses biologiques avancées et modèles expérimentaux, en étroite interaction avec les services cliniques et les plateformes technologiques du CHU de Clermont-Ferrand.
DEFINITION DU POSTE
L’ingénieur de recherche à recruter aura un statut équivalent à un post-doctorant universitaire. Le profil recherché est un profil d’ingénieur de recherche/post-doctorant en intelligence artificielle appliquée aux données multi-omiques, avec une composante expérimentale animale. Il sera positionné physiquement au sein de l’UMR 1107 NEURO-Dol, Université Clermont Auvergne (UFRs de Médecine et de Pharmacie, 28 place Henri Dunant, 63000 Clermont-Ferrand). Le poste est à pourvoir à compter d’octobre ou novembre 2026, pour une durée de 36 mois.
MISSIONS :
Missions générales :
• Concevoir, développer et conduire des projets de recherche translationnelle.
• Participer à la planification, au suivi scientifique et au bon déroulement des projets.
• Réaliser des travaux de recherche expérimentaux et des analyses de données.
• Développer et mettre en œuvre de nouvelles approches méthodologiques.
• Participer à la valorisation des résultats (publications, communications scientifiques, réponses à appels à projets).
• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d’expertise.
• Participer à l’encadrement des étudiants et à la vie scientifique de l’équipe.
Missions spécifiques :
• Développer des approches bio-informatiques et d’intelligence artificielle appliquées à l’analyse de données multi-omiques (microbiote 16S, métagénomique, transcriptomique, métabolomique, lipidomique).
• Réaliser le traitement, l’analyse statistique et l’intégration de données issues de cohortes cliniques et de modèles précliniques.
• Identifier de nouveaux biomarqueurs microbiens et métaboliques impliqués dans les douleurs chroniques, notamment les neuropathies périphériques chimio-induites (CIPN).
• Participer aux expérimentations précliniques sur modèles murins (procédures expérimentales, prélèvements biologiques et évaluations comportementales).
• Développer des outils d’analyse et des modèles prédictifs basés sur des approches de Machine Learning.
• Participer à la valorisation scientifique des travaux (publications, communications et réponses à appels à projets).
• Contribuer à l’encadrement des étudiants et au fonctionnement scientifique de l’équipe.
Des activités complémentaires peuvent être confiées en fonction des nécessités du service.
COMPETENCES PROFESSIONNELLES REQUISES
SAVOIR :
• Solides connaissances en microbiologie, microbiote intestinal et interactions hôte–microbiote.
• Connaissances des approches multi-omiques (microbiote 16S, métagénomique, transcriptomique, métabolomique, lipidomique).
• Bonnes connaissances en biostatistiques, analyse de données et intelligence artificielle (Machine Learning).
• Connaissances des modèles précliniques de douleurs chroniques et de la recherche translationnelle.
• Maîtrise de l’anglais scientifique.
• Connaissances de la méthodologie de la recherche biomédicale et des outils informatiques dédiés à l’analyse de données.
SAVOIR-FAIRE :
• Analyser et intégrer des données multi-omiques (microbiote 16S, métagénomique, transcriptomique, métabolomique, lipidomique).
• Développer des pipelines d’analyse bioinformatique et des modèles prédictifs basés sur l’intelligence artificielle.
• Maîtriser RStudio (obligatoire) ; la connaissance de Python constitue un atout.
• Réaliser des analyses statistiques avancées et des approches multivariées.
• Participer aux expérimentations sur modèles murins (procédures expérimentales, prélèvements biologiques et tests comportementaux).
• Rédiger et valoriser les résultats scientifiques (publications, communications et rapports).
• Participer aux expérimentations sur modèles murins (contention, injections, prélèvements biologiques, tests comportementaux).
• Rédiger des publications scientifiques en anglais.
SAVOIR-ETRE :
• Curiosité scientifique et goût pour l’innovation.
• Autonomie, rigueur et sens de l’organisation.
• Esprit d’analyse, sens critique et capacité de synthèse.
• Esprit d’initiative et force de proposition.
• Capacité à travailler en équipe dans un environnement pluridisciplinaire et international.
• Excellentes qualités relationnelles et de communication.
• Motivation pour la recherche translationnelle et les collaborations entre recherche fondamentale et clinique.
PRÉREQUIS
Diplômes / qualifications / expériences :
• Doctorat (PhD) en bioinformatique, biologie computationnelle, microbiologie, neurosciences, biostatistiques ou discipline connexe.
• Expérience en analyse de données multi-omiques, notamment microbiote (16S et/ou métagénomique).
• Maîtrise de RStudio ; des compétences en Python et/ou en intelligence artificielle (Machine Learning) constituent un atout.
• Expérience en analyses statistiques et intégration de données biologiques.
• Une expérience en expérimentation animale (modèles murins) est souhaitée.
• Des compétences en métabolomique et/ou lipidomique seraient appréciées.
• Aptitude à travailler dans un environnement de recherche translationnelle et à valoriser les résultats scientifiques (publications, communications).
Une forte motivation pour développer des approches interdisciplinaires à l’interface entre bioinformatique, expérimentation préclinique et recherche clinique sera particulièrement appréciée.
SPECIFICITES DU POSTE
Le candidat rejoindra l’UMR1107 Neuro-Dol (INSERM/UCA), laboratoire internationalement reconnu pour ses travaux sur les douleurs chroniques, les interactions microbiote-intestin-cerveau et les biomarqueurs translationnels.
Il intégrera un environnement fortement pluridisciplinaire associant chercheurs et cliniciens. Il participera à plusieurs projets de recherche translationnelle portant sur les neuropathies périphériques chimio-induites, les douleurs viscérales et les interactions microbiote-hôte, en lien avec des cohortes cliniques et des modèles précliniques.
Vous êtes dynamique et souhaitez intégrer une unité de recherche en développement ! N’hésitez pas à nous contacter.
INFORMATIONS GÉNÉRALES
CANDIDATURE : Les candidats sont invités à transmettre les documents suivants :
• Un CV détaillé.
• Une lettre de motivation.
• Les coordonnées de deux références scientifiques (optionnel mais apprécié).
Les candidatures sont à adresser par email aux Pr David BALAYSSAC et Dr Frédéric CARVALHO:
📧 dbalayssac@chu-clermontferrand.fr ou david.balayssac@uca.fr
📧 frederic.carvalho@inserm.fr ou frederic.carvalho@uca.fr
RENSEIGNEMENTS
Pour toute information complémentaire concernant le poste ou le projet de recherche, vous pouvez contacter :
Pr David BALAYSSAC
Professeur des Universités - Praticien Hospitalier
UMR1107 Neuro-Dol
📧 dbalayssac@chu-clermontferrand.fr ou david.balayssac@uca.fr
Tel +33 6 85 66 82 84
Dr Frédéric CARVALHO
Directeur de recherche Inserm - UMR1107 Neuro-Dol
📧 frederic.carvalho@inserm.fr ou frederic.carvalho@uca.fr
Tel +33 6 64 00 53 42