Mots-Clés
Pipeline Bioinformatique
Diagnostic
Nextflow
Description
La Cellule Bioinformatique des Hospices Civils de Lyon (HCL) est constituée de 5 bioinformaticiens, 1 développeur web et 2 maîtres de conférences hospitalo-universitaires. Elle est en charge de l’analyse des données de séquençage haut débit à visée diagnostique pour l’ensemble des HCL. L’activité de la Cellule concerne à la fois la génétique constitutionnelle, somatique et l’infectiologie. L’ensemble des analyses bioinformatiques est réalisé via des pipelines développés en interne par les différents membres de la Cellule, en langage Nextflow.
Le Projet stratégique 2035 des HCL fait de la Médecine Génomique l’une de ses priorités du programme de transformation portant sur les innovations biotechnologiques et la médecine de précision au service des parcours de soins. Dans ce cadre, la Cellule Bioinformatique est amenée à développer un grand nombre de nouveaux pipelines. Cette montée en charge dans la production de nouveaux pipelines conduit à harmoniser, cadrer, et standardiser l’ensemble des pipelines développés en son sein.
Afin d’accomplir cette mission, la Cellule Bioinformatique recrute un(e) ingénieur(e) bioinformaticien(ne) expérimenté(e). La personne recrutée sera en charge de la structuration de l’activité de développement de pipelines Nextflow de façon transversale aux activités du CHU (génétique humaine et infectieuse). Ses missions principales seront les suivantes :
1. Définition d’un cadre précis pour le développement des nouveaux pipelines (standardisation de la structure du pipeline, de la documentation, écriture des tests unitaires et fonctionnels).
2. Formation des bio informaticien(ne)s de l’équipe aux pratiques de développement définies.
3. Participation à la mise en conformité des pipelines existants en collaboration avec les bio informaticien(ne)s qui les ont développés.
4. Développement de nouveaux pipelines, depuis le recueil des besoins auprès des utilisateurs jusqu’à leur intégration dans l’application web développée aux HCL.
5. Participation à l’activité de routine diagnostique : réalisation et suivi des analyses de routine, support et formation des utilisateurs.
Profil recherché
Titulaire d’un diplôme de bac +5 au minimum (Master 2, Ingénieur, etc.) en bio informatique ou domaine connexe, avec 5 ans d’expérience minimum dans le développement de pipelines.
Compétences souhaitées :
• Très bonne maîtrise de Nextflow
• Très bonne maîtrise des bonnes pratiques de développement informatiques
• Maîtrise des stratégies de test logiciel (unitaires, d’intégration, système…) et d’éventuels outils associés applicables à Nextflow
• Maîtrise des outils standard utilisés en bioinformatique (outils d’alignement, d’appel de variants, d’annotation, etc.)
• Maîtrise des langages de script (bash, perl ou python) et de R
• Maîtrise des systèmes d’exploitation Linux/Unix
• Maîtrise des systèmes de gestion de version (git)
• Connaissance des systèmes de conteneurisation (Singularity, Docker)
• Connaissance des environnements de calcul scientifique et d’au moins un ordonnanceur (idéalement SLURM)
Qualités requises :
• Rigueur et organisation
• Très bonne aptitude relationnelle et pédagogique pour travailler en équipe
• Autonomie et esprit d’initiative
• Curiosité intellectuelle, goût de l’investissement dans des activités nouvelles et variées
• Capacités d’auto-formation et de veille technologique
• Maîtrise des techniques de présentation écrite et orale, bonnes capacités rédactionnelles (documentation et guide)
Informations concernant le poste
La rémunération sera fixée suivant l’expérience du candidat et selon les grilles applicables de la fonction publique hospitalière.
Le poste proposé sera initialement en CDD, avec période d’essai de 4 mois, avec une évolution vers un CDI au bout de 3 ans.
Poste du lundi au vendredi, en 39h hebdomadaires. 28 CA et 20 RTT par année civile.
Télétravail possible jusqu’à 2j/semaine au regard des nécessités de présence sur site dans l’organisation du service.