Mots-Clés
thyroid cancer
single cell sequencing
cancer multi-omics
Description
Bioinformatician/Computational Biologist – CDI de chantier, 24 months
Thyroid Cancer Genetics and Biology Group & Endocrine Tumors Committee
Gustave Roussy | INSERM UMR981 | IHU-PRISM
Background
Gustave Roussy, the leading cancer center in Europe, is at the forefront of oncology research and care. The Thyroid Cancer Genetics and Biology laboratory, led by Iñigo Landa, PhD, within INSERM UMR981 and the IHU-PRISM, explores the fundamental and translational aspects of thyroid cancers, with a particular focus on advanced forms of the disease. The lab employs various techniques using human samples, cell systems, and animal models. Our goal is to produce high-quality scientific knowledge while promoting a healthy work-life balance. The offered position is initially funded for two years. The selected candidate will be expected to work on collaborative projects between Drs. Iñigo Landa and Julien Hadoux from the Endocrine Tumors Committee.
Main duties and responsibilities
This is a full-time position in a stimulating scientific environment. The selected candidate is expected to work independently and to contribute to various projects in the lab. He/she will perform bioinformatic analyses on existing and prospective data. These include bulk sequencing (WES, WGS, RNAseq, long-read DNAseq), single-cell/single-nuclei RNAseq and multiome (RNA/ATACseq), and spatial transcriptomics/proteomics performed both in patients’ samples and in animal models of the disease.
Current projects in the lab are aimed at understanding how genetic and epigenetic changes drive thyroid cancer progression, and to dissecting their immune tumor microenvironment. The candidate will be expected to work as a bioinformatician on the following specific tasks:
- Analyze existing single-nuclei sequencing data (RNAseq and multiome) generated in genetically engineered mouse models of thyroid cancers
- Contribute to the data integration of existing and prospective multi-omic profiling (bulk and single cell) of anaplastic thyroid cancer patient cohorts.
- Analyze bulk RNAseq, ATACseq and long-read sequencing of patient specimens and patient derived organoids
- Actively participate in meetings, discuss needs with wet lab members and advise on best practices for data analysis.
The selected candidate will integrate within Iñigo Landa’s group, and it is expected to participate in formal lab meetings, one-on-ones and informal discussions with both lab members and collaborators. The candidate will have opportunities to interact, learn and exchange experiences with the existing community of computational biologists at Gustave Roussy.
Qualifications
• Master’s degree in bioinformatics / computational biology or a related field with multi-year experience, or a PhD in bioinformatics, computational biology, genomics, or a related field.
• Proficiency in Unix and in python/R.
• Proficiency with HPC.
• Prior experience analyzing large genomic datasets, preferentially from single-cell approaches.
• Experience in running bioinformatics pipeline using Nextflow or Snakemake is desirable.
• Strong organizational skills, autonomy, and scientific rigor.
• Willingness to integrate in a wet-lab setting and to contribute to multiple projects.
• We are an international team, and research is conducted in English. Working proficiency in English is therefore essential.
Other Skills
• Interest in a collaborative and multidisciplinary research environment.
• Initiative and creativity in problem-solving.
• Excellent written and oral communication skills, ability to clearly document methods and results for publications.
Additional Information
This is a two-year project-based permanent contract (CDI de chantier), renewable subject to continued funding, based in Villejuif, Grand Paris at Gustave Roussy campus. The position is available immediately, and applications will be considered on a rolling basis.
We are an equal opportunity employer, and all qualified candidates will be considered without regard to race, color, religion, sex, national origin, disability, gender identity, sexual orientation, pregnancy, or any other characteristic protected by law. This is an office-based position within the Gustave Roussy campus, with the possibility of partial remote work. Cafeteria, employee benefits committee, and partial reimbursement of the monthly or annual public transportation pass is available.
If you are interested, please send your CV (including contact details for 2-3 referees) along with a brief cover letter (half a page), merged into a single PDF, to Inigo.LANDA@gustaveroussy.fr. You can also direct any informal inquiries to this address.
(Version française ci-dessous)
Bioinformaticien·ne/Biologiste computationnel·le – CDI de chantier, 24 mois
Groupe de génétique et biologie du cancer de la thyroïde & Comité des tumeurs endocrines Gustave Roussy | INSERM UMR981 | IHU-PRISM
Contexte
Gustave Roussy, premier centre de lutte contre le cancer en Europe, est à l’avant-garde de la recherche et des soins en oncologie. Le Laboratoire de génétique et de biologie des cancers de la thyroïde, dirigé par Iñigo Landa, PhD, au sein de l’INSERM UMR981 et de l’IHU-PRISM, explore les aspects fondamentaux et translationnels des cancers de la thyroïde, avec un accent particulier sur les formes avancées de la maladie. Le laboratoire utilise diverses techniques s’appuyant sur des échantillons humains, des systèmes cellulaires et des modèles animaux. Notre objectif est de produire des connaissances scientifiques de haute qualité tout en favorisant un bon équilibre entre vie professionnelle et vie personnelle. Le poste proposé est initialement financé pour une durée de deux ans. Le ou la candidat(e) retenu(e) devra travailler sur des projets collaboratifs entre Iñigo Landa et Julien Hadoux du Comité des Tumeurs Endocrines.
Missions
Il s’agit d’un poste à temps plein dans un environnement scientifique stimulant. La personne recrutée devra être capable de travailler de manière autonome et de contribuer à divers projets du laboratoire. Elle réalisera des analyses bioinformatiques sur des données existantes et à venir. Celles-ci incluent des données de séquençage en vrac (WES, WGS, RNAseq, long read DNAseq), des données de RNA-seq en cellule unique/noyau unique et multiome (RNA/ATACseq), ainsi que des données de transcriptomique/protéomique spatiale, obtenues à la fois à partir d’échantillons de patients et de modèles animaux de la maladie.
Les projets actuels du laboratoire visent à comprendre comment les altérations génétiques et épigénétiques favorisent la progression des cancers de la thyroïde, ainsi qu’à décrypter leur microenvironnement tumoral immunitaire. Le/la candidat(e) sera amené(e) à travailler en tant que Bio Informaticien(ne) sur les tâches suivantes :
• Analyser des données de séquençage nucléaire unicellulaire (snRNA-seq) et de multiome déjà générées à partir de modèles murins génétiquement modifiés de cancers de la thyroïde ;
• Contribuer à l’intégration et à l’analyse de données issues de profils multi-omiques existants et futurs (bulk et cellule unique) provenant de cohortes de patients atteints de cancer thyroïdien anaplasique ;
• Analyser des données de RNA-seq en vrac (bulk RNA-seq), d’ATAC-seq et de séquençage à longues lectures obtenues à partir d’échantillons de patients et d’organoïdes dérivés de patients.Participer activement aux réunions de l’équipe, échanger avec les membres du laboratoire expérimental afin d’identifier leurs besoins, et les conseiller sur les meilleures pratiques en matière d’analyse bioinformatique et statistique des données.
La personne recrutée intégrera l’équipe d’Iñigo Landa et participera aux réunions formelles du laboratoire, aux entretiens individuels et aux discussions informelles avec les membres de l’équipe et les collaborateurs. Elle aura l’opportunité d’interagir, d’apprendre et d’échanger avec la communauté existante de biologistes computationnels à Gustave Roussy.
Profil recherché
• Master en bioinformatique / biologie computationnelle ou dans un domaine connexe avec plusieurs années d’expérience, ou doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique ou domaine connexe.
• Maîtrise d’Unix et de Python/R.
• Maîtrise des environnements de calcul haute performance (HPC).
• Expérience préalable dans l’analyse de grands jeux de données génomiques, idéalement issus d’approches en cellule unique.
• Une expérience dans l’exécution de pipelines bioinformatiques avec Nextflow ou Snakemake est souhaitable.
• Excellentes capacités d’organisation, autonomie et rigueur scientifique.
• Volonté de s’intégrer dans un environnement de laboratoire expérimental (« wet lab ») et de contribuer à plusieurs projets.
• Nous sommes une équipe internationale et les activités de recherche se déroulent en anglais. Une bonne maîtrise de l’anglais est donc indispensable.
Aptitudes complémentaires
• Intérêt pour un environnement de recherche collaboratif et multidisciplinaire.
• Initiative et créativité pour résoudre des problématiques techniques.
• Excellentes compétences en communication écrite et orale, capacité à documenter les méthodes et résultats de façon claire, pour des publications
Informations supplémentaires
Ce CDI de chantier de 2 ans renouvelable sous réserve de la poursuite du financement, est basé à Villejuif, Grand Paris, sur le campus de Gustave Roussy. Le poste est disponible immédiatement et les candidatures seront examinées au fil de l’eau.
Nous sommes un employeur garantissant l’égalité des chances, et tous les candidat·es qualifié·es seront considéré·es sans distinction de race, couleur, religion, sexe, origine nationale, handicap, identité de genre, orientation sexuelle, grossesse ou toute autre caractéristique protégée par la loi. Il s’agit d’un poste en présentiel sur le campus de Gustave Roussy, avec possibilité de télétravail partiel. Une cantine, un comité d’entreprise, ainsi qu’un remboursement partiel de l’abonnement mensuel ou annuel aux transports en commun sont proposés.
Si vous êtes intéressé·e, veuillez envoyer votre CV (incluant les coordonnées de 2 à 3 référent·es) accompagné d’une courte lettre de motivation (une demi-page), regroupés en un seul fichier PDF, à l’adresse suivante : Inigo.LANDA@gustaveroussy.fr. Vous pouvez également adresser toute question informelle à cette adresse.