Mots-Clés
Biomarqueurs multimodaux
épigénétique
apprentissage automatique
séquençage haut-débit
psychiatrie
facteurs psychosociaux
addiction
Description
Missions
La personne recrutée rejoindra le projet BEBOP sur les biomarqueurs épigénétiques et psychosociaux de l’addiction, mené par le Dr Pierre-Eric Lutz à l’INCI. Son travail s’intégrera dans un projet collaboratif impliquant des psychiatres, sociologues et neurobiologistes, qui vise à identifier des biomarqueurs du trouble de l’usage d’opioïdes (ou addiction). Ces biomarqueurs sont « multimodaux », c’est-à-dire qu’ils font appel à des mesures épigénétiques sur des échantillons sanguins, ainsi qu’à des évaluations des facteurs sociaux et psychiatriques connus pour contribuer à la sévérité du trouble.
Le projet s’appuiera sur une cohorte multicentrique (n=275 individus recrutés à Lyon, Paris et Strasbourg) et sur un vaste ensemble de données déjà constituées. L’objectif principal sera d’analyser simultanément l’ensemble de ces facteurs afin de prédire la sévérité du trouble de l’usage d’opioïdes, en utilisant des approches de bio-informatique et d’apprentissage automatique. A terme, l’identification de biomarqueurs multimodaux pourrait permettre de développer des prises en charge personnalisées, dans une perspective de médecine de précision.
Le contrat initial de 20 mois pourra être prolongé.
Activités
La personne recrutée sera responsable de la réalisation d’analyses bioinformatiques de données de séquençage portant sur l’expression des gènes (3’RNA-Sequencing) et la méthylation de l’ADN (Enzymatic Methylation sequencing). Puis elle sera responsable de mener des méthodes d’apprentissage automatique pour intégrer nos données multimodales (épigénétiques, psychiatriques et sociales), en adoptant une approche d’intégration incluant notamment les étapes et procédures suivantes :
- Réduction de dimension et sélection de variables (Feature Selection), par exemple en utilisant des approches de régression pénalisée de type Sparse Generalized Canonical Correlation Analysis, SGCCA ;
- Intégration par fusion de réseaux de similarité entre individus (de type Similarity Network Fusion, SNF), afin d’identifier des clusters de la sévérité du trouble de l’usage d’opioïdes ;
- Modélisation prédictive de la sévérité de l’addiction (par exemple avec des classifieurs tels que des Random Forests ou des Réseaux neuronaux), procédures de validation croisée avec rééchantillonnage ;
- Analyses de réseaux de co-expression pour favoriser l’interprétabilité biologique des modèles prédictifs.
Compétences attendues
1) Une expérience préalable dans la recherche en bioinformatique est nécessaire (niveau doctorat).
2) Une expérience préalable dans l’utilisation des langages R (de préférence), ou Python R, est nécessaire, ainsi que des connaissances en biologie.
3) Une expérience dans les domaines suivants est également souhaitée : traitement et analyse de données transcriptomiques ou épigénomiques ; utilisation d’un centre de calcul intensif et d’un gestionnaire de tâches (par exemple Slurm) ; utilisation d’environnements virtuels (par exemple Conda) ; utilisation de pipelines d’analyses standardisés (par exemple Snakemake).
4) La personne recrutée devra faire preuve d’autonomie et d’organisation.
5) La personne recrutée sera amenée à travailler en équipe avec les personnels du laboratoire impliqués dans ce projet, ainsi qu’avec nos collaborateurs à Paris, Lyon et Strasbourg.
Contexte de travail
La personne recrutée sera employée par le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) et travaillera à l’Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives (INCI, UPR 3212), situé sur le campus de l’Esplanade de l’Université de Strasbourg, au cœur de Strasbourg, en France. L’institut bénéficie d’un excellent environnement scientifique, réunissant de nombreuses unités de recherche en biologie, neurosciences et sciences de la santé, et est facilement accessible en transports en commun (tramway et bus).
A l’INCI, la personne recrutée intégrera l’équipe « Douleur et psychopathologie », dirigée à l’Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives (INCI UPR 3212) par la Dr Ipek Yalcin. Notre équipe est composée d’environ 20 à 30 personnes, dont à l’heure actuelle une dizaine de doctorants, un post-doctorant, deux ingénieurs de recherche, trois ingénieurs d’études, et cinq chercheurs statutaires. Elle offre un environnement de travail stimulant, convivial et international, avec de nombreuses nationalités représentées.
En outre, pour mener le projet, la personne recrutée aura à sa disposition les ressources du centre de calcul scientifique intensif de l’université de Strasbourg (CCUS, voir : https://hpc.pages.unistra.fr/). Ce projet est également mené en collaboration avec un mathématicien spécialisé dans l’utilisation des approches d’apprentissage automatique, le Dr Vincent Vigon (Institut de recherche mathématique avancée de Strasbourg, IRMA UMR7501).
D’autres avantages incluent notamment :
- 46 jours de congés annuels et RTT par an,
- Le remboursement partiel des frais de transport en commun, conformément aux règles du CNRS,
- L’accès à des restaurants subventionnés situés à proximité de l’institut,
- L’accès aux avantages sociaux, culturels et de bien-être proposés par le CNRS,
- Des possibilités de formation continue et de développement professionnel,
- La possibilité de télétravail occasionnel, conformément aux règles du CNRS et sous réserve de compatibilité avec les exigences expérimentales du projet.
Contraintes
Les contraintes sont celles liées au travail sur ordinateur. Des voyages occasionnels en France ou à l’étranger pourront être nécessaires pour participer à des conférences, des rencontres organisés par des consortiums, ou des formations spécialisées.