Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Mycotoxines IA Text-mining Base de données Analyse du risque

Description

Stagiaire M2 : « Lutter contre les mycotoxines : utiliser l’IA et le text-mining pour automatiser l’extraction de données scientifiques et optimiser MycoCentral – Projet Myco-AI (ANSES).»

Contexte
Les mycotoxines sont des composés produits par des champignons filamenteux et dont certaines sont connues pour être toxiques pour les humains et les animaux. Elles peuvent être produites soit avant la récolte, lorsque les céréales et les cultures fourragères poussent dans les champs, soit après la récolte, pendant la manipulation, le transport, le stockage et la transformation de ces matières premières. La toxicité de la plupart de ces mycotoxines est inconnue.
La contamination par les mycotoxines a des répercussions sur les entreprises agricoles ainsi que sur la santé humaine et animale : on estime que 3,2 millions de cas de maladies et 50 000 hospitalisations par an sont dus aux mycotoxines dans la seule Union Européenne. Il s’agit d’un problème croissant, favorisé par le changement climatique.
Dans le cadre d’un projet interne à l’ANSES, Myco-AI, incluant deux équipes de la Direction de l’évaluation des Risques ainsi que l’unité Toxicologie des contaminants de l’ANSES Fougères, l’objectif de ce projet est d’extraire des informations liées aux mycotoxines dans des bases de données mais aussi dans la littérature scientifique. L’objectif final sera de compléter la base de données MycoCentral (www.mycocentral.eu), développée dans le cadre du projet européen Agritox (2018-2023). Cette base de données vise à centraliser les connaissances sur les mycotoxines, particulièrement les informations de dangerosité, de méthodes de détection et de remédiation des mycotoxines. Ainsi les données seront extraites par approches de text-mining et d’intelligence artificielle développées au sein de l’équipe. Les résultats collectés permettront d’orienter des besoins de recherche. Parmi les résultats attendus, il s’agira de compléter la base de données avec des informations de toxicologie et de quantification/occurrence de ces mycotoxines dans l’environnement et dans l’alimentation humaine et animale.

Objectifs
Les objectifs de ce stage seront :

• Développer et utiliser les approches de Data-Mining et d’intelligence artificielle de l’équipe pour favoriser l’extraction automatique d’informations d’intérêt (base de données de littérature, bases de données institutionnelles, rapports d’expertise collective, PDF d’articles) afin compléter la base de données MycoCentral (environ 3500 mycotoxines) et d’orienter la recherche prospective et de prioriser les besoins pour compléter les données manquantes.

• Interrogation des bases de données en ligne regroupant des informations sur les mycotoxines ou interrogations de logiciels de simulation des propriétés physico-chimiques et/ou biologiques puis rapatriements des résultats issues de différentes bases de données ou simulées informatiquement (QSAR, docking, GEO etc.).

• Poursuivre le travail d’organisation structurée des données dans la base

• Améliorer le pipeline automatique d’interrogation par nos méthodes d’intelligence artificielle interne développées en python.

Lors de son stage, l’étudiant(e) bénéficiera d’une gratification d’environ 580 euros par mois.

Diplôme en cours Formation supérieure en Bio-informatique, des connaissances théoriques en biologie, en chimie ou en toxicologie seraient un plus (Bac+5, Master 2)

Compétences

1. Bio-informatique (AI, Text-mining, modélisation, QSAR)
2. Curiosité pour différents domaines scientifiques
3. Autonomie, rigueur, goût pour le travail en équipe, esprit d’initiative et sens des responsabilités.
4. Programmation (python)
5. Maitrise du Pack office