Mots-Clés
ngs
gmp
biotech
Description
PathoQuest, entreprise du groupe Charles River, est une organisation de recherche sous contrat (CRO) d’envergure mondiale spécialisée dans le contrôle qualité en matière de biosécurité basé sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) grâce à sa plateforme d’analyse iDTECT®, qui permet la mise sur le marché rapide et sûre de biothérapies destinées aux patients. Nous proposons des tests validés conformes aux bonnes pratiques de fabrication (BPF) pour les essais de sécurité virale et la caractérisation génétique des matières premières, des thérapies cellulaires et géniques, des anticorps monoclonaux et des vaccins. Nos services d’analyse sont disponibles dans nos sites situés à Paris, en France, et à Wayne, en Pennsylvanie.
Nous recherchons actuellement un(e) Ingénieur en Bio-informatique experimenté(e) pour un CDD de 14 mois, au sein de l’équipe Tech Ops, sous la responsabilité du Directeur Tech Ops, pour contribuer à ces activités de développement et de validation bioinformatique.
Missions :
Vous spécifiez, organisez et planifiez la mise en œuvre d’un projet de développement et/ou de validation Bio-informatique, depuis la phase de conception, le développement puis la validation, jusqu’à son transfert vers les opérations ainsi que dans le cadre du cycle de vie d’éléments bio-informatiques en s’appuyant sur des ressources internes ou externes et dans le respect des règles GMP.
Responsabilités :
• Assurer le développement et la validation autour des pipelines d’analyses de la société : veille scientifique, technologique et règlementaire (bibliographie), benchmarks d’outils et de process, développements dédiés et partager ces connaissances avec les autres membres de l’équipe,
• Développer des prototypes de pipeline Bio-informatiques et leur composants (banques, flux d’analyses, documentation, benchmarks) ou optimiser à partir de prototypes ou de composants existants pour les activités Bio-informatiques de la société en tenant compte des référentiels réglementaires et normatifs en vigueur pour permettre leur application en mode routine par les Opérations,
• Analyser les données de séquençage produites par les différentes plateformes NGS et générer les rapports fournis par les pipelines de la société, faire remonter les principaux résultats et points d’amélioration et en assurer l’implémentation des améliorations métiers,
• Assurer l’analyse des études liées aux pipelines en développement n’étant pas encore au stade opérationnel,
• Assurer les études ‘custom’ ne se rapportant à aucun pipeline existant au sein de PTQ, Travailler en collaboration avec l’équipe Innovation, Développement & Validation du laboratoire pour la mise au point de pipeline et l’analyse des données,
• Travailler en collaboration avec le(s) bio-informaticiens réalisant l’innovation, les développements logiciel, l’équipe IT en amont et les bio-informaticiens de l’équipe opérations en aval pour assurer le transfert des outils vers une utilisation de routine,
• Imaginer et discuter les simulations numériques ayant pour objectif les études de performances analytiques des outils,
• Suivre la démarche qualité de l’entreprise lors des phases de conception, de développement et de validation des produits logiciels bio-informatiques, notamment en participant à la rédaction de documents supports (Documentation technique, Manuel utilisateurs…).
Profil
De formation supérieure en bio-informatique, vous avez une expérience sur une fonction similaire d’au moins 5 ans sur Illumina ou Nanopore.
Vous maîtrisez les langages de développement bio-informatique tels que Python et R.
Vous êtes à l’aise de travailler dans un environnement Linux et sur des serveurs de calcul haute performance.
Vous savez analyser des données de séquençage haut-débit et en interpréter les résultats.
Compétences techniques : Assemblage De Novo & Guidé, Mapping, Linux, NCBI, NGS, Blast, Variant calling.
Connaissance en biologie (biologie moléculaire et cellulaire, génomique et génétique).
Connaissance des normes qualité de type GMP.
Vous avez un niveau d’anglais courant.
Aptitudes
• Avoir de bonnes qualités relationnelles et de communication ainsi que le goût du travail d’équipe afin d’assurer une collaboration efficace en interne et en externe,
• Avoir de la rigueur et de l’autonomie pour gérer tous les aspects d’un projet (délai, coût…),
• Analyser afin de ne négliger aucun détail, notamment lors des différentes phases du projet.
Localisation
• Ce poste est basé près du bureau de Paris (13e arrondissement) en France
Rémunération
• En fonction de l’expérience du candidat
Les avantages du projet
• Environnement en pleine croissance, scale-up dynamique, innovante et ambitieuse,
• Une entreprise à la pointe de la génétique, de la bio-informatique et de la biologie moléculaire,
• Portefeuille de clients attrayant et d’envergure mondiale.