Mots-Clés

pipeline nextflow pacbio long-read diagnostic

Description

Ingénieur(e) Bioinformaticien(ne) en génomique humaine

Contexte

L’Unité Fonctionnelle de Bioinformatique du CHU de Limoges intervient dans les activités de génétique humaine constitutionnelle et somatique, en appui des équipes biologiques et cliniques.
Ses activités couvrent l’analyse de données de séquençage, le développement de pipelines, leur intégration dans les environnements de production et leur qualification dans le cadre des activités de biologie médicale.

Nous recrutons un(e) ingénieur(e) bioinformaticien(ne) qui participera aux différents projets de l’UF, depuis l’analyse des données jusqu’au développement, à la validation et à la mise en production des outils.

Principales missions

En collaboration avec les bioinformaticiens de l’UF et les biologistes, vous participerez notamment à :

• la conception, le développement, l’intégration et la maintenance de pipelines d’analyse en génétique constitutionnelle et somatique
• l’évaluation et l’intégration de nouveaux outils, algorithmes et méthodes bioinformatiques
• l’analyse et au contrôle qualité des données de séquençage
• l’automatisation et à l’intégration des analyses dans les environnements de calcul et de production
• la mise en production, au suivi et à l’évolution des outils utilisés en routine
• la reproductibilité, la traçabilité, la qualification et la documentation des outils et pipelines développés
• la participation à la démarche qualité et aux activités liées à l’accréditation ISO 15189
• l’accompagnement des biologistes dans l’utilisation des outils et l’interprétation technique des résultats
• la veille scientifique et technologique dans les domaines de la génomique et de la bioinformatique

Profil recherché

Titulaire d’un diplôme de niveau Bac +5 (Master, Ingénieur, …) dans le domaine de la bioinformatique, ou de la biologie computationnelle.

Compétences attendues

• Bonne maîtrise de Linux et des outils en ligne de commande
• Compétences en programmation/scripting, notamment Python et Bash
• Connaissances en génomique et en analyses de données de séquençage haut-débit
• Capacité à développer, tester, documenter et maintenir des scripts ou pipelines bioinformatiques
• Maîtrise de Git et des principes de reproductibilité, de traçabilité et de contrôle qualité

Compétences appréciées

Une expérience en génomique humaine, long-read/PacBio, Nextflow ou Snakemake, conteneurisation, environnement HPC/Slurm ou CI/CD constituera un réel atout.

Des connaissances en biologie médicale, qualification de méthodes ou démarche qualité ISO 15189 seront également appréciées.

Qualités professionnelles

• Rigueur et organisation
• Autonomie et capacités d’auto-formation
• Capacités à travailler en équipe et à communiquer avec des interlocuteurs issus de disciplines différentes

Le respect de la confidentialité des données de santé et du secret professionnel est indispensable.

Conditions

• Contrat : CDD de 12 mois (possible évolution en CDI)
• Lieu : CHU de Limoges / Unité Fonctionnelle de Bioinformatique
• Rémunération : selon expérience et les grilles de la fonction publique hospitalière