Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

calcul scientifique modélisation moléculaire dynamique moléculaire

Description

Intitulé du stage : Modélisation moléculaire des interactions entre phytostilbènes et membranes biologiques
Sujet du stage :
Le projet de stage s’inscrit dans un projet ANR plus large qui vise à développer une thérapie innovante contre la stéatohépatite métabolique (MASH), en combinant trois agents ; des phytostilbènes (RDS), un inhibiteur sélectif de la caspase-2 (LJ2a) et le peptide immunomodulateur P140. Au cours de ce stage, les interactions entre phytostilbènes, membranes lipidiques et peptides thérapeutiques seront évaluées via des simulations de dynamique moléculaire et des calculs de profils d’énergie libre. Ces analyses permettront de comprendre comment les phytostilbènes pourraient restaurer la fluidité membranaire dans le contexte métabolique et améliorer l’efficacité des peptides. Le projet comprend la modélisation et la paramétrisation des phytostilbènes et peptides thérapeutiques ainsi que la préparation de bicouches lipidiques (POPC avec des proportions variables de cholestérol) simulant les membranes saines et pathologiques. Ces données guideront la sélection des meilleurs RDS et permettront de comprendre comment ceux-ci modifient la fluidité membranaire et influencent l’action des peptides thérapeutiques.
Le laboratoire MEDyC utilise et développe différents outils informatiques pour modéliser, à différentes échelles, la matrice extracellulaire et la membrane sur laquelle elle repose. Ces outils incluent la dynamique moléculaire aux échelles atomistiques et gros grains ainsi que le développement d’une base de données en ligne dédiée aux topologies et objets lipidiques (https://limonada.univ-reims.fr/).
Profil : La ou le stagiaire, bio-informaticien(ne) devra avoir de bonnes connaissances de programmation bash et python sous linux. Il intégrera une équipe de biologistes, bioinformaticiens et biophysiciens d’une dizaine de personnes
Durée – période : 4 à 6 mois gratifiés – janvier à juin/juillet 2027
Équipe – lieu : Équipe Modélisation Moléculaire et Imagerie Multi-échelle (MIME)
Bat. 18, Campus Moulin de la housse, 51100 Reims
Contact : jean-marc.crowet@univ-reims.fr (Dynamique moléculaire, Modélisation)