Mots-Clés
modélisation
épidémiologie
bioinformatique
Bactérie
Vibrio aestuarianus
Description
Sujet de stage : Modélisation spatiale des épizooties à Vibrio aestuarianus : influence de l’environnement et des pratiques conchylicoles
Contexte :
Ce stage s’inscrit dans le cadre d’un projet de recherche en épidémiologie visant à mieux comprendre la dynamique de transmission de la bactérie Vibrio aestuarianus, un agent pathogène responsable d’épisodes de mortalité chez l’huître creuse (Magallana gigas) adulte, avec des conséquences importantes pour la production conchylicole française.
La dynamique des épidémies à V. aestuarianus dépend de nombreux facteurs, parmi lesquels les conditions environnementales, notamment la température et la salinité, les caractéristiques génétiques des animaux, ainsi que l’organisation spatiale et les pratiques des élevages conchylicoles. La dispersion de la bactérie dans le milieu aquatique et les connexions hydrodynamiques entre zones de production sont également susceptibles de jouer un rôle déterminant dans sa propagation à l’échelle d’un bassin de production.
Un modèle épidémiologique spatialisé a précédemment été développé afin de représenter la transmission de V. aestuarianus entre populations d’huîtres (Lupo et al. 2020 Aquacult Environ Interact). L’objectif du stage sera de prendre en main et d’approfondir ce modèle, en intégrant les connaissances et données acquises récemment, afin d’explorer l’influence des conditions environnementales et des caractéristiques des élevages sur la dynamique des épidémies. L’étang de Thau constituera le principal site d’étude et permettra notamment d’intégrer au modèle les connexions hydrodynamiques entre les différentes zones conchylicoles.
À terme, ces travaux doivent permettre de mieux comprendre les facteurs favorisant l’émergence et la propagation des épidémies et d’identifier les conditions ou configurations permettant de réduire le risque de transmission de la maladie au sein d’un bassin conchylicole.
Objectifs, programme de travail et résultats attendus :
1 - Prendre en main et approfondir le modèle épidémiologique spatialisé existant, afin d’en maîtriser le fonctionnement, les principales hypothèses et les paramètres. Les données expérimentales disponibles concernant notamment l’influence des conditions environnementales et des caractéristiques des animaux pourront être utilisées pour paramétrer et améliorer le modèle.
2 - Intégrer la dimension spatiale et environnementale dans la dynamique épidémiologique, notamment à travers les données de température et de salinité et les matrices de connectivité issues de la modélisation hydrodynamique de l’étang de Thau. Il s’agira d’évaluer dans quelle mesure ces différents facteurs influencent la propagation de la bactérie entre les zones conchylicoles.
3 - Construire et comparer différents scénarios épidémiologiques, faisant varier notamment les conditions environnementales, les caractéristiques des populations d’huîtres et/ou leur distribution spatiale. Des métriques d’évaluation pertinentes seront définies afin de comparer les scénarios et d’identifier les conditions susceptibles de favoriser ou, au contraire, de limiter la propagation et l’ampleur des épidémies.
Ce stage offre l’opportunité de mobiliser des compétences en bio-informatique, en modélisation et en science des données au service d’une problématique agronomique concrète, avec la possibilité de valoriser les résultats par la publication d’un article scientifique. Par ailleurs, une poursuite en doctorat à l’issu du stage pourra être envisagée sur une thématique s’inscrivant dans la continuité de ces travaux. Cette perspective sera notamment fonction de l’intérêt du/de la stagiaire pour le sujet et de la qualité du travail réalisé au cours du stage.
Compétences recherchées :
Ce stage nécessite de bonnes compétences en bio-informatique et en modélisation, ainsi qu’une maitrise du langage R. Une première expérience et/ou des connaissances en épidémiologie seraient appréciées, sans toutefois constituer un prérequis.
Niveau : Master 2
Durée : 6 mois
Indemnités de stage : oui
Lieu de stage : Station Ifremer de La Tremblade, Avenue Mus de Loup, Ronce-les-Bains 17390 La Tremblade
Encadrement : Maude Jacquot (ASIM, IFREMER) et Marie Agnès Travers (IHPE, IFREMER)
Pour tout renseignement ou pour postuler, envoyer votre CV et lettre de motivation à maude.jacquot@ifremer.fr et marie.agnes.travers@ifremer.fr ; 05 46 76 26 82