Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

translatome mRNA isoforms human species transcriptome

Description

Mission
Intégrée à une équipe de recherche, la personne recrutée aura pour mission principale de déterminer les perturbations post-transcriptionnelles induites par des mutations dans l’hélicase DDX6 dans les cellules humaines. Elle analysera des jeux de données RNAseq obtenus à partir d’ARN total et polysomal pour identifier les transcrits dérégulés au niveau stabilité et/ou traduction, déterminer les caractéristiques de ces ARN, et proposer les voies de régulation perturbées.

Activités
- Traitement et contrôle qualité des données RNA-seq
- Analyse différentielle et fonctionnelle
- Développement et optimisation de pipelines
- Comparaison avec des jeux de données publiés
- Interprétation biologique en lien avec les biologistes de l’équipe

Compétences attendues
- Maîtrise des outils RNAseq : alignement, quantification, analyse différentielle, visualisation
- Maîtrise des outils d’analyse des isoformes d’ARN
- Expérience en analyse de transcriptome dans des modèles mammifères
- Expérience en analyse des isoformes dans des modèles mammifères
- Rigueur, autonomie, dynamisme, esprit d’initiative.
- Rédaction de rapports clairs, présentation des résultats à des non-bioinformaticiens

Contexte de travail
La personne recrutée exercera son activité dans l’équipe « mRNP et condensats » dirigée par Dominique Weil, au Laboratoire Développement, Adaptation et Vieillissement (UMR8263, unité mixte CNRS-Inserm-Sorbonne Université) à l’Institut de Biologie Paris Seine (IBPS). Ce laboratoire est situé sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université.
Le poste est financé par l’ANR dans le cadre d’un projet visant à comprendre le rôle de l’hélicase DDX6 et de condensats d’ARN et protéines (P-bodies) dans le neurodéveloppement. Des mutations de cette hélicase sont responsables d’une maladie neurodéveloppementale associée à un déficit de P-bodies. L’équipe travaille sur des modèles de cellules humaines dans lesquelles les mutations des patients ont été introduites. Composée de biologistes, elle comprend quatre chercheuses et enseignants-chercheurs, une ingénieure d’étude, un post-doctorant et une doctorante. La personne recrutée travaillera en collaboration étroite avec le post-doctorant et les chercheurs associés à cet axe de recherche.