Mots-Clés
génomique évolutive
régulation de l'expression des gènes
Description
La plupart des études génomiques de la régulation de l’expression des gènes reposent sur l’hypothèse que les éléments cis-régulateurs sont situés en dehors des régions qui codent pour des protéines. Cependant, il est à ce jour démontré que les exons codants peuvent avoir des rôles cis-régulateurs, pouvant notamment fonctionner comme éléments amplificateurs de l’expression des gènes (Lampe et al. 2008; Ritter et al. 2012; Birnbaum et al. 2012). Des travaux récents ont démontré que les génomes de l’humain et de la souris contiennent plusieurs milliers d’exons codants avec de forts signaux de fixation de facteurs de transcription et des signatures chromatiniennes caractéristiques des éléments amplificateurs (Mouren et al. 2026). Des rôles régulateurs ont été validés expérimentalement pour plusieurs centaines de ces éléments exoniques (Mouren et al. 2026). Ces observations appellent à une réévaluation de la définition des éléments régulateurs et de l’impact fonctionnel des mutations qui ont lieu dans les régions exoniques codantes du génome.
Dans le cadre du projet ANR EXONHANCER, nous recrutons un.e doctorant.e à partir du mois de décembre 2026. Le projet de recherche doctoral se focalisera sur les origines et les trajectoires évolutives des éléments régulateurs exoniques, à travers les vertébrés. Son objectif principal est de clarifier l’impact des doubles contraintes fonctionnelles (séquence codant pour une protéine et séquence régulatrice) sur l’évolution des éléments régulateurs exoniques.
La doctorante ou le doctorant intégrera des annotations génomiques et des alignements de génomes complets afin d’identifier les enhancers exoniques orthologues et de reconstituer leur histoire évolutive. Le projet étudiera la manière dont les contraintes liées au codage protéique et à la régulation interagissent sur de longues échelles de temps évolutif, ainsi que l’influence de forces évolutives plus récentes sur les enhancers exoniques. Le travail comprendra le développement de workflows bioinformatiques reproductibles, la réalisation d’analyses statistiques, ainsi que la visualisation et l’interprétation de données génomiques à grande échelle.
Les candidates et candidats devront être titulaires, ou en voie d’obtention avant le début du contrat, d’un diplôme de master ou équivalent en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique, biologie évolutive ou dans une discipline apparentée. Les compétences essentielles comprennent une expérience dans l’analyse de données génomiques, la maîtrise de Python et/ou de R, une bonne connaissance de la ligne de commande sous Linux/Unix et de solides bases en statistiques. Les candidates et candidats devront être capables de travailler de manière autonome et collaborative, ainsi que de communiquer efficacement leurs résultats scientifiques en anglais.
Une expérience en génomique comparative, évolution moléculaire, phylogénétique, génomique des populations ou transcriptomique constituera un atout. Une connaissance des formats de données génomiques, du calcul haute performance, des gestionnaires de workflows tels que Snakemake ou Nextflow, ainsi que du contrôle de version avec Git serait également appréciée. Une expérience préalable dans l’ensemble de ces domaines n’est toutefois pas exigée.
L’étudiant.e sera basé.e au Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE), à Lyon (https://lbbe.univ-lyon1.fr/fr). La thèse sera co-encadrée par Anamaria Necsulea (LBBE, Lyon) et Benoît Ballester (TAGC, Marseille). La doctorante ou le doctorant bénéficiera des expertises complémentaires du LBBE en génomique évolutive et comparative, et du TAGC en génomique régulatrice et fonctionnelle à grande échelle.
Pour candidater, contactez Anamaria Necsulea (anamaria.necsulea@univ-lyon1.fr) et Benoît Ballester (benoit.ballester@inserm.fr), en fournissant une brève lettre de motivation, les relevés de notes de Master, un curriculum vitae ainsi que l’information de contact pour deux personnes de référence. L’examen des candidatures débutera mi-septembre 2026.
Références
Birnbaum, Ramon Y., E. Josephine Clowney, Orly Agamy, et al. 2012. “Coding Exons Function as Tissue-Specific Enhancers of Nearby Genes.” Genome Research 22 (6): 1059–68. https://doi.org/10.1101/gr.133546.111.
Lampe, Xavier, Omar Abdel Samad, Allan Guiguen, et al. 2008. “An Ultraconserved Hox-Pbx Responsive Element Resides in the Coding Sequence of Hoxa2 and Is Active in Rhombomere 4.” Nucleic Acids Research 36 (10): 3214–25. https://doi.org/10.1093/nar/gkn148.
Mouren, Jean-Christophe, Magali Torres, Antoinette van Ouwerkerk, et al. 2026. “Exonic Enhancers Are a Widespread Class of Dual-Function Regulatory Elements.” Nature Communications 17 (1): 4755. https://doi.org/10.1038/s41467-026-71220-6.
Ritter, Deborah I., Zhiqiang Dong, Su Guo, and Jeffrey H. Chuang. 2012. “Transcriptional Enhancers in Protein-Coding Exons of Vertebrate Developmental Genes.” PloS One 7 (5): e35202. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0035202.