Mots-Clés
Kraken2
Assignation taxonomique
Génomique
Microbiologie
NGS
Description
Description de l’employeur
Responsable de la conduite, au bénéfice des armées, de la conception des systèmes de défense, des opérations d’armement et de la structuration de l’industrie de défense, la DGA intervient dans tous les domaines de la défense dont la défense NRBC (Nucléaire, Radiologique, Biologique, Chimique). En son sein, vous intégrerez DGA Maîtrise NRBC, référent national dans le domaine de la défense NRBC. DGA Maîtrise NRBC apporte son expertise aux équipes de programme de la DGA, aux instances nationales et internationales, dans des domaines tels que l’évaluation des risques biologiques et chimiques, la conception et l’évaluation des performances des équipements de défense NRBC. Son action s’inscrit pleinement dans les traités d’interdiction des armes chimiques et biologiques ratifiés par la France.
Description du poste
Dans le cadre de ses activités, l’équipe bioinformatique de DGA Maîtrise NRBC est amenée à analyser des échantillons dans lesquels les espèces recherchées (bactériennes et/ou virales) sont présentes en quantité très faible. De plus, ces séquences peuvent être cachées dans un « bruit de fond métagénomique », correspondant à d’autres espèces.
Le logiciel Kraken2 (https://doi.org/10.1186/s13059-019-1891-0) permet une assignation taxonomique rapide des séquences issues d’un séquençage « short-reads » Illumina sur des bases de données modifiables selon le besoin. Toutefois, cet outil présente un taux faible, mais non négligeable d’erreurs :
- Assignation sur des espèces non vraisemblablement présentes (faux positifs)
- Non-assignation à un taxon (non-classifiés)
Afin d’étudier et d’optimiser la précision et la limite de détection de cet outil, le (la) stagiaire réalisera un travail de caractérisation des erreurs d’assignation, et proposera des solutions techniques pour en diminuer le nombre. Le (la) stagiaire pourra ensuite effectuer un travail de comparaison des limites de détection entre Kraken2 et d’autres logiciels similaires (par exemple : Sylph, MetaPhlAn, Centrifuge ou Kaiju).
Le (la) stagiaire étudiera des données contrôlées produites en interne, et éventuellement issues des bases de données publiques.
Descriptif du profil recherché
Etudiant(e) en Master 1 en bio-informatique, ou en école d’ingénieur avec une formation équivalente.
Durée variable, entre 3 et 6 mois.
Bon relationnel, curiosité, autonomie, connaissances en génomique bactérienne et/ou virale, compétences solides en Python et bases en Bash.
Conditions particulières d’exercice
Le poste pouvant nécessiter d’accéder à des informations relevant du secret de la défense nationale, le(a) titulaire fera l’objet d’une procédure d’habilitation, conformément aux dispositions des articles R.2311-1 et suivants du Code de la défense et de l’IGI n°1300 du 09 août 2021.