Mots-Clés
scRNA
R
integration de données publiques
Description
Equipe : Immunologie et génétique du diabète et des maladies endocriniennes.
Analyse de l’évolution du phénotype des cellules MAIT sanguine en fonction de l’âge en condition homéostatique et pathologiques.
Résumé du projet :
Les cellules T invariantes associées aux muqueuses (MAIT) sont une population de lymphocytes T particulière appartenant aux cellules immunitaires dites «innate-like », à la frontière entre l’immunité innée et adaptative. Ces cellules sont particulièrement présentes dans le sang, les muqueuses, ainsi que le foie chez l’être humain où ils peuvent représenter jusqu’à 50% des lymphocytes T totaux. Elles ont la particularité d’être activées par des dérivés bactériens issus du métabolisme de la vitamine B2, ainsi que par des cytokines pro-inflammatoires comme l’IL-18. Dans les dernières années, des altérations du phénotype des cellules MAIT ont été décrites dans divers contextes pathologiques d’auto-immunité, de maladies inflammatoires ou d’infections à fois bactériennes et virales. Dans ce projet, nous proposons de réaliser une méta-analyse du phénotype des cellules MAIT sanguines afin de mieux comprendre les altérations des cellules MAIT associées à l’âge et aux différentes pathologies, notamment l’identification de signatures phénotypiques communes ou spécifiques à chaque contexte biologique.
Mission du stagiaire :
- Uniformiser et adapter une pipeline d’analyse bio-informatique.
- Intégrer des données de scRNA-seq publiques avec des données internes.
- Réaliser les analyses bio-informatiques et statistiques nécessaires à la méta-analyse.
- Tenir à jour ces avancements au sein d’un Git.
- Participer à l’interprétation biologique des résultats.
L’étudiant sera encadré par une équipe disposant des expertises liées aux questions biologiques du sujet. Le stagiaire aura à disposition les ressources informatiques nécessaires à la réalisation du projet au sein du HUB informatique de l’institut, un espace de travail dédié à la bio-informatique, favorisant les échanges entre bio-informaticiens et l’entraide. L’ensemble s’inscrit dans l’environnement pluridisciplinaire et stimulant de l’Institut Cochin.
Nous recherchons un candidat en Master 2 ou école d’ingénieur en parcours informatique ou bio-informatique.
Langages et outils : R, Github/Gitlab, Python, bash
Publication de l’équipe relatives au projet :
- Lesturgie-Talarek et al., Deficiency and altered phenotype of mucosal-associated invariant T cells in systemic sclerosis. Journal of Scleroderma and Related Disorders. 2024. DOI : 10.1177/23971983231209807.
- Flament, Rouland, Beaudoin, Toubal et al., Outcome of SARS-CoV-2 infection is linked to MAIT cell activation and cytotoxicity. Nat. Immunol. 2021. DOI : 10.1038/s41590-021-00870-z.
- Toubal, Nel, Loterstajn and Lehuen, Mucosal-associated invariant T cells and disease. Nat. Rev. Immunol. 2019. DOI : 10.1038/s41577-019-0191-y.
- Rouxel, Nel et al., Cytotoxic and regulatory roles of mucosal-associated invariant T cells in type 1 diabetes. Nat. Immunol. 2017. DOI : 10.1038/ni.3854.