Mots-Clés
RNAseq
ATACseq
lymphocytes T humains
Vitamine D
sclérose en plaque
Description
Résumé du projet :
La sclérose en plaque (SEP) est une maladie chronique inflammatoire du système nerveux central. C’est une maladie autoimmune complexe avec une contribution génétique et un rôle de facteurs environnementaux. Les lymphocytes T jouent un rôle prépondérant dans la maladie. Il y a non seulement des lymphocytes T effecteurs qui réagissent contre la myéline dans le cerveau, mais aussi un dysfonctionnement des cellules T dites régulatrices, dont l’activité suppressive est réduite chez les patients, favorisant ainsi l’inflammation. La carence en vitamine D (VD) est un problème de santé publique croissant qui est proposé comme un facteur de risque majeur dans la pathogène de la SEP. La VD exerce des rôles anti-inflammatoires en modulant les cellules immunitaires, notamment les cellules T. Cependant les mécanismes d’action de la VD sur les différentes sous-populations de lymphocytes T ne sont que partiellement connus. Ce projet consistera à analyser les données de RNA-seq et ATAC-seq déjà réalisées sur l’effet de la vitamine D sur les différentes populations de LT afin de mieux comprendre les mécanismes contrôlant l’activation lymphocytaire T et de déterminer la contribution de l’un des facteurs environnementaux principaux de la SEP.
Objectifs du stage :
Le premier objectif sera de réaliser une analyse multi-omic des données bulk RNA-seq et bulk ATAC-seq. Une première approche empirique consistera à croiser les résultats des analyses différentielles du RNA-seq et de l’ATAC-seq. Une seconde approche visera à réaliser une analyse non supervisée intégrant les données multi-omics afin d’identifier des facteurs expliquant les variations observées.
Le second objectif sera d’identifier des facteurs de transcription pouvant expliquer l’action de la vitamine C dans les différentes populations cellulaires. Pour cela, il faudra intégrer des données publics d’enhancers, réaliser une analyse d’activité des facteurs de transcription ainsi qu’une analyse de motifs.
Compétences requises :
Ce stage s’inscrit à l’interface entre la génomique fonctionnelle, la bioinformatique et l’immunologie. Il s’adresse à un·e étudiant·e en M2 en bioinformatique, biologie computationnelle ou génomique ayant des connaissances en programmation (R, Python, bash), en utilisation de cluster HPC (slurm) et en analyse de données génomiques.
Environnement scientifique :
Le stage sera effectué au sein de l’Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (INFINITY, Purpan, Toulouse) sous l’encadrement direct de Anne Astier et en co-encadrement avec Margot Zahm. L’hébergement se fera dans l’équipe 4 qui étudie les maladies inflammatoires du système nerveux central.
Références bibliographiques :
1. Kari S*, Debonlier A*, Angles T, Chaves B, Grosjean C, Bucciarelli F, Duplan-Eche V, Nozeran L, Lavery J, Morandi E, Pignolet B, Mimpen M, Smolders J, Liblau R, Saoudi A, Damoiseaux J, Masson F, Dupré L, Astier AL. Multiple sclerosis-associated CD226 variant disrupts vitamin D-induced type I Treg differentiation by impairing LFA-1 activation. In press, JCI. DOI 10.1172/JCI202193 *co-first authors
2. Galoppin M*, Kari S*, et al. Full spectrum of Vitamin D immunomodulation in multiple sclerosis: mechanisms and therapeutic implications. Brain Comm, 2022, 4 (4), fcac171.
3. Soldati S, Bär A, S Kari2, F Blumer1, A Pal1, M Vladymyrov1, A Danial3, H Nishihara1, J Killick4, A Mossu1, E Bouillet1, S Barcos1, M Galoppin5, M Rosito1, U Deutsch1, F Sallusto6,7, M Sospera8, R Martin8, F Gosselet9, JL McGrath3, E Thouvenot5, AL Astier2, †, B Engelhardt1, † Vitamin D differentially modulates effector and regulatory T-cell migration across the blood-brain barrier. https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2025.12.09.692504v1. Preprint. in revision. †co-senior authors