Mots-Clés

Génomique fonctionnelle Régulation génique Éléments régulateurs Transcriptomique ARN non codants Intégration de données omiques Analyse de données à grande échelle Statistiques Réduction de dimension

Description

Appel à manifestation d’intérêt : postdoctorat en bioinformatique et génomique régulatrice, financement dédié aux scientifiques en situation de handicap

Laboratoire : TAGC, Inserm U1090 / Aix-Marseille Université, Marseille
Responsable scientifique : Benoît Ballester

Nous recherchons une candidate ou un candidat pour construire ensemble un projet postdoctoral et déposer une candidature à l’appel « Post-Doc Handicap » de la fondation A*Midex d’Aix-Marseille Université.

• Ce dispositif de financement est spécifiquement destiné aux scientifiques en situation de handicap.
• Le recrutement sera conditionné à la sélection du dossier par A*Midex et à l’obtention du financement.

Projet scientifique

De la transcription intergénique à la traduction : caractérisation intégrative des régions occupées par RNAPII

Une partie importante du génome située entre les gènes est transcrite, mais la nature et le devenir des RNA produits restent largement à caractériser. Dans la continuité de notre atlas des régions intergéniques occupées par l’ARN polymérase II, ce projet visera à comprendre quels transcrits sont produits, comment ils sont maturés et lesquels présentent des preuves de traduction.

Le projet portera sur la transcription du génome non codant et ses liens avec la régulation de l’expression génique. Il reposera sur l’intégration et l’analyse de données publiques de transcriptomique et de génomique fonctionnelle à grande échelle, afin de mieux comprendre le rôle de régions encore peu caractérisées dans différents contextes biologiques.

Nous sommes également ouverts à des propositions de projets bioinformatiques fondés sur l’analyse de données à grande échelle autour des éléments régulateurs et/ou de la régulation génique. Les personnes candidates sont encouragées à présenter leurs propres idées. Le projet final sera construit ensemble, en tenant compte de leurs intérêts scientifiques, de leurs compétences et de l’expertise du laboratoire.

Profil recherché

• Doctorat en bioinformatique, génomique computationnelle ou domaine proche.
• Expérience solide de l’analyse de données de séquençage à grande échelle, notamment en transcriptomique ou en génomique fonctionnelle.
• Maîtrise de Python et/ou R, aisance en environnement Linux et dans l’utilisation de serveurs ou de clusters de calcul.
• Expérience du développement de workflows reproductibles avec Nextflow ou Snakemake.
• Solides compétences en statistiques et en analyse de données multidimensionnelles, notamment en réduction de dimension et en classification non supervisée.
• Fort intérêt pour les éléments régulateurs du génome, les mécanismes de régulation de l’expression génique et l’intégration de données omiques.
• Autonomie scientifique, rigueur, capacité à proposer des approches originales et goût du travail collaboratif.

Une expérience en Ribo-seq, analyse des transcrits ou statistiques appliquées à la génomique serait appréciée, sans être indispensable.

Conditions du dispositif

L’appel est ouvert à toutes les nationalités. Selon les conditions actuellement annoncées, les personnes candidates doivent pouvoir justifier d’un statut de handicap et avoir obtenu leur doctorat depuis moins de trois ans au début du contrat postdoctoral. Les personnes terminant leur doctorat peuvent prendre contact afin d’examiner leur éligibilité selon leur calendrier de soutenance.

Aucune information médicale détaillée n’est demandée lors de cette première prise de contact. Les modalités de justification de l’éligibilité seront examinées avec les services compétents de l’université.

Calendrier et prise de contact

Nous invitons les personnes intéressées à prendre contact idéalement avant le 31 octobre 2026, en transmettant un CV et quelques lignes présentant leurs travaux et leurs intérêts scientifiques.

La déclaration d’intention A*Midex est prévue pour le 29 novembre 2026 et le dossier complet pour le 31 décembre 2026. Un démarrage est envisagé à partir de juin 2027, sous réserve de sélection et de conventionnement.

Contact : Benoît Ballester, TAGC, Inserm / Aix-Marseille Université
Adresse électronique : benoit.ballester@inserm.fr